DrugVsDisease

DOI:10.18129 / B9.bioc.DrugVsDisease

用基因集富集分析比较疾病和药物谱

Bioconductor版本:发布(3.15)

该软件包生成疾病或药物概况的差异基因表达排名列表。输入数据可以从Array Express或GEO下载，也可以从本地CEL文件下载。使用Limma计算微分表达式和相关p值的排序列表。浓缩分数(Subramanian et al.)。PNAS 2005)被计算为一组默认药物或疾病概况的参考，或一组用户提供的自定义数据。重要分数的网络可视化以Cytoscape格式输出。

作者:C. Pacini

维护人员:j. saezrodriguez

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DrugVsDisease")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“DrugVsDisease”)

PDF	R脚本	DrugVsDisease
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类，GeneExpression，微阵列，软件
版本	2.38.0
在Bioconductor中	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.10)，affy，limma，biomaRt，ArrayExpress，GEOquery，DrugVsDiseasedata，cMap2data，qvalue
进口	注释，hgu133a.db，hgu133a2.db，hgu133plus2.db，RUnit，BiocGenerics，xtable
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	DrugVsDisease_2.38.0.tar.gz
Windows二进制	DrugVsDisease_2.38.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	DrugVsDisease_2.38.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DrugVsDisease
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/DrugVsDisease
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DrugVsDisease/
软件包下载报告	下载数据