EDASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.EDASeq

这个包是版本3.15的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见EDASeq。

RNA-Seq的探索性数据分析和归一化

Bioconductor版本:3.15

RNA-Seq读取数据的数值和图形摘要。通道内归一化程序以调整gc含量对读取计数的影响(或其他基因水平的影响):黄土稳健局部回归、全局标度和全分位数归一化(Risso et al.， 2011)。调整车道间分布差异(如测序深度)的车道间归一化程序:全局缩放和全分位数归一化(Bullard et al.， 2010)。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph]， Sandrine Dudoit [aut]， Ludwig Geistlinger [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。大卫在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("EDASeq")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“EDASeq”)

超文本标记语言	R脚本	EDASeq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	2.30.0
在Bioconductor中	BioC 2.9 (R-2.14)(11岁)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase(> = 2.15.1),ShortRead(> = 1.11.42)
进口	方法、图形BiocGenerics，IRanges(> = 1.13.9),aroma.light，Rsamtools(> = 1.5.75),biomaRt，Biostrings，AnnotationDbi，GenomicFeatures，GenomicRanges，BiocManager
链接
建议	BiocStyle，knitr，yeastRNASeq，leeBamViews，刨边机，KernSmooth，testthat，DESeq2，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drisso/EDASeq
BugReports	https://github.com/drisso/EDASeq/issues
这取决于我	RUVSeq
进口我	consensusDE，DaMiRseq，metaseqR2，ribosomeProfilingQC
建议我	awst，bigPint，DEScan2，easyreporting，HTSFilter，TCGAbiolinks
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	EDASeq_2.30.0.tar.gz
Windows二进制	EDASeq_2.30.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	EDASeq_2.30.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/EDASeq
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/EDASeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/EDASeq/
软件包下载报告	下载数据