GAPGOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.GAPGOM

GAPGOM(新型基因注释预测和其他GO度量)

Bioconductor版本:发布(3.15)

用于lncRNA注释预测的各种措施和工具的集合，放在可重新分发的R包中。该包包含两个主要算法;lncRNA2GOA和TopoICSim。lncRNA2GOA试图通过对相关表达数据使用各种相关/几何评分方法来注释新基因(在本例中为lncRNAs)。相关/评分后，对结果进行注释和丰富。TopoICSim是一种基于拓扑的方法，它基于GO DAG的拓扑结构，通过GO项之间的信息含量(information content, IC)来比较基因相似性。

作者:Rezvan Ehsani [aut, cre]， Casper van Mourik [aut]， Finn Drabløs [aut]

维护者:Rezvan Ehsani

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GAPGOM")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“GAPGOM”)

超文本标记语言	R脚本	介绍GAPGOM
超文本标记语言	R脚本	基准测试和其他GO相似度方法
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	去，GeneExpression，GenePrediction，软件
版本	1.11.0
在Bioconductor中	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	Stats, utils，方法，矩阵，fastmatch，plyr，dplyr，magrittr，data.table，igraph，图，RBGL，GO.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，GOSemSim，GEOquery，AnnotationDbi，Biobase，BiocFileCache，matrixStats
链接
建议	org.Dm.eg.db，org.Rn.eg.db，org.Sc.sgd.db，org.Dr.eg.db，org.Ce.eg.db，org.At.tair.db，org.EcK12.eg.db，org.Bt.eg.db，org.Cf.eg.db，org.Ag.eg.db，org.EcSakai.eg.db，org.Gg.eg.db，org.Pt.eg.dborg.Pf.plasmo.db,org.Mmu.eg.db，org.Ss.eg.db，org.Xl.eg.db，testthat，pryr，knitr，rmarkdown，prettydoc，ggplot2，kableExtra，profvis，reshape2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Berghopper/GAPGOM/
BugReports	https://github.com/Berghopper/GAPGOM/issues/
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	GAPGOM_1.11.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	GAPGOM_1.11.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GAPGOM
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/GAPGOM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GAPGOM/
软件包下载报告	下载数据