GeneAccord

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneAccord

这个包是版本3.15的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见GeneAccord。

癌症患者队列中克隆排他性基因或通路对的检测

Bioconductor版本:3.15

用于检查肿瘤中共存的克隆组合的统计框架。更准确地说，该算法发现在同一肿瘤中发生突变但在不同克隆中的基因对，即它们的亚克隆突变谱是相互排斥的。我们称之为克隆排他性。这意味着突变发生在肿瘤系统发育的不同分支，表明克隆的平行进化。我们的统计框架评估克隆独占模式是否在患者队列中出现的频率高于预期的偶然性。所需的输入数据是通过运行系统发育树推断方法获得的来自癌症患者队列的突变基因到克隆的分配。重建肿瘤的进化历史和检测克隆是具有挑战性的。对于不确定性算法，重复的树推理运行可能导致突变到克隆的分配略有不同。因此，我们的算法被设计为允许每个患者输入多个基因到克隆分配。它们可能是通过重复执行树推理或从树的后验分布中抽样产生的。 The tree inference methods designate the mutations to individual clones. The mutations can then be mapped to genes or pathways. Hence our statistical framework can be applied on the gene level, or on the pathway level to detect clonally exclusive pairs of pathways. If a pair is significantly clonally exclusive, it points towards the fact that this specific clone configuration confers a selective advantage, possibly through synergies between the clones with these mutations.

作者:Ariane L. Moore, Jack Kuipers和Niko Beerenwinkel

维护者:阿丽亚娜L.摩尔<阿丽亚娜。摩尔在bssee .ethz.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GeneAccord")

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文档

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browseVignettes(“GeneAccord”)

超文本标记语言	R脚本	GeneAccord
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，FeatureExtraction，FunctionalGenomics，GeneticVariability，遗传学，GenomicVariation，MathematicalBiology，通路，PatternLogic，软件，SomaticMutation，SystemsBiology
版本	1.14.0
在Bioconductor中	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 3.5)
进口	biomaRt，caTools，dplyr，ggplot2、图形、grDevices、gtools，ggpubr，magrittr，maxLik，RColorBrewer，reshape2统计数据,宠物猫,跑龙套
链接
建议	为了，BiocStyle，devtools，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/GeneAccord
这取决于我
进口我
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包档案

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源包	GeneAccord_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	GeneAccord_1.14.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GeneAccord_1.14.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GeneAccord
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/GeneAccord
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GeneAccord/
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