GenomicFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicFeatures

此包适用于Bioconductor 3.15版;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicFeatures。

方便地导入和查询基因模型

Bioconductor版本:3.15

一组工具和方法，用于制作和操作以文本为中心的注释。有了这些工具，用户可以很容易地从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库(未来将支持更多的来源)下载给定生物体的转录本、外显子和cd的基因组位置。然后，这些信息被存储在一个本地数据库中，该数据库跟踪转录本、外显子、cd和基因之间的关系。提供了灵活的方法以方便的格式提取所需的特征。

作者:M. Carlson, H. pag， P. Aboyoun, S. Falcon, M. Morgan, D. Sarkar, M. Lawrence, V. Obenchain

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genomics features ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicFeatures”)

超文本标记语言	R脚本	制作和利用TxDb对象
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.48.4
在Bioconductor中	BioC 2.5 (R-2.10)(13年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.29),IRanges(> = 2.13.23),GenomeInfoDb(> = 1.25.7),GenomicRanges(> = 1.31.17),AnnotationDbi(> = 1.41.4)
进口	方法、实用程序、统计、工具、DBI，RSQLite(> = 2.0),RCurl，XVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),BiocIO，rtracklayer(> = 1.51.5),biomaRt(> = 2.17.1),Biobase(> = 2.15.1)
链接
建议	RMariaDB，org.Mm.eg.db，org.Hs.eg.db，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce11，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.17),mirbase.db，FDb.UCSC.tRNAs，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene(> = 2.7.1),TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene(> = 3.4.7),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene(> = 3.4.6),SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，Rsamtools，pasillaBamSubset(> = 0.0.5),GenomicAlignments(> = 1.15.7),ensembldb，AnnotationFilter，RUnit，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicFeatures
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GenomicFeatures/issues
这取决于我	我思，cpvSNP，ensembldb，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，FDb.UCSC.snp135common.hg19，FDb.UCSC.snp137common.hg19，FDb.UCSC.tRNAs，generegulation，GSReg，吉他，HelloRanges，Homo.sapiens，ima，iva，Mus.musculus，mygene，OrganismDbi，先驱者，RareVariantVis，Rattus.norvegicus，RiboDiPA，SplicingGraphs，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart51，TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau8.refGene，TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau9.refGene，TxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGene，TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene，TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene，TxDb.Cfamiliaris.UCSC.canFam3.refGene，TxDb.Cfamiliaris.UCSC.canFam4.refGene，TxDb.Cfamiliaris.UCSC.canFam5.refGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene，TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene，TxDb.Drerio.UCSC.danRer11.refGene，TxDb.Ggallus.UCSC.galGal4.refGene，TxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGene，TxDb.Ggallus.UCSC.galGal6.refGene，TxDb.Hsapiens.BioMart.igis，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.refGene，TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac10.refGene，TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac3.refGene，TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac8.refGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm39.refGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro4.refGene，TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro5.refGene，TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro6.refGene，TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.ncbiRefSeq，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn7.refGene，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGene，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene，TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr11.refGene，TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr3.refGene
进口我	AllelicImbalance，高山，AnnotationHubData，annotatr，APAlyzer，appreci8R，ASpediaFI，ASpli，bambu，BgeeCall，BiocOncoTK，biovizBase，bumphunter，BUSpaRse，CAGEfightR，卡斯珀，ChIPpeakAnno，ChIPQC，ChIPseeker，compEpiTools，consensusDE，crisprseekplus，CSSQ，customProDB，dasper，decompTumor2Sig，DegNorm，derfinder，derfinderPlot，DMRcatedata，EDASeq，埃尔默，epimutacions，EpiTxDb，epivizrData，epivizrStandalone，esATAC，EventPointer，exomePeak2，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，FDb.UCSC.snp135common.hg19，FDb.UCSC.snp137common.hg19，FDb.UCSC.tRNAs，FindIT2，火焰，弗雷泽，GA4GHshiny，genbankr，geneAttribution，geneLenDataBase，GenomicDistributionsData，GenomicInteractionNodes，GenomicState，GenVisR，ggbio，gmapR，gmoviz，GUIDEseq，Gviz，gwascat，希尔达，Homo.sapiens，HTSeqGenie，icetea，InPAS，检查，感兴趣，karyoploteR，光民，mCSEA，metagene，metaseqR2，methylumi，msgbsR，multicrispr，Mus.musculus，musicatk，NoRCE，ORFik，Organism.dplyr，高伦雅芙，proBAMr，profileplyr，ProteoDisco，PureCN，qpgraph，QuasR，Rattus.norvegicus，美国广播公司，rCGH，收回，Rhisat2，RiboCrypt，RiboProfiling，ribosomeProfilingQC，日坛，RLSeq，RNAmodR，scanMiRApp，scRNAseq，颈背，SGSeq，sitadela，spatzie，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，StructuralVariantAnnotation，svaNUMT，svaRetro，TAPseq，TCGAutils，TFEA。芯片，trackViewer，transcriptR，一绺头发，txcutr，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25，TxDb.Hsapiens.BioMart.igis，TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis，tximeta，Ularcirc，UMI4Cats，VariantAnnotation，VariantFiltering，VariantTools，wavClusteR
建议我	AnnotationHub，强盗，biomvRCNS，BioPlex，Biostrings，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau8，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau9，BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，BSgenome.Celegans.UCSC.ce11，BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6，CAGEWorkflow，chipseq，chromPlot，CrispRVariants，csaw，腰带，curatedAdipoChIP，DEXSeq，eisaR，鱼池，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicRanges，groHMM，HDF5Array，InteractiveComplexHeatmap，IRanges，海市蜃楼，MutationalPatterns，ObMiTi，奥得河，网页排名，parathyroidSE，plotgardener，重新计票，RNAmodR。毫升，Rsamtools，rtracklayer，ShortRead，Single.mTEC.Transcriptomes，SummarizedExperiment，systemPipeR，systemPipeRdata，TFutils，三硝基甲苯，VplotR，wiggleplotr
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构建报告

包档案

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源包	GenomicFeatures_1.48.4.tar.gz
Windows二进制	GenomicFeatures_1.48.4.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GenomicFeatures_1.48.4.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GenomicFeatures
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/GenomicFeatures
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicFeatures/
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