GenomicRanges

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicRanges

这个包是版本3.15的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicRanges．

基因组间隔的表示和操作

Bioconductor版本:3.15

高效表示和操作基因组注释和比对的能力在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时起着核心作用。GenomicRanges包定义了用于存储和操作基因组间隔和沿着基因组定义的变量的通用容器。在GenomicAlignments和summarizedexexperiment包中分别定义了用于根据参考基因组或类似矩阵的实验摘要来表示和操作短比对的更专门的容器。这两个包都建立在GenomicRanges基础设施之上。

作者:P. Aboyoun, H. pag， M. Lawrence

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genomics ranges ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicRanges”)

超文本标记语言	R脚本	1.介绍基因组范围包
PDF	R脚本	2.GenomicRanges howto
PDF	R脚本	3.GRanges和GRangesList对象的快速介绍(幻灯片)
PDF	R脚本	4.你不知道的十件事(来自BioC 2016的幻灯片)
PDF	R脚本	5.延长GenomicRanges
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，DataRepresentation，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.48.0
在Bioconductor中	BioC 2.6 (R-2.11)(12.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)， methods, stats4，BiocGenerics(> = 0.37.0),S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb(> = 1.15.2)
进口	跑龙套,统计数据,XVector(> = 0.29.2)
链接	S4Vectors，IRanges
建议	矩阵，Biobase，AnnotationDbi，注释，Biostrings(> = 2.25.3),SummarizedExperiment(> = 0.1.5),Rsamtools(> = 1.13.53),GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，Gviz，VariantAnnotation，AnnotationHub，DESeq2，DEXSeq，刨边机，KEGGgraph，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，pasillaBamSubset，KEGGREST，hgu95av2.db，hgu95av2probe，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，RUnit，消化，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicRanges
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GenomicRanges/issues
这取决于我	AllelicImbalance，AneuFinder，annmap，AnnotationHubData，BaalChIP，Basic4Cseq，BasicSTARRseq，baySeq，BindingSiteFinder，biomvRCNS，BiSeq，bnbc，BPRMeth，breakpointR，BSgenome，bsseq，BubbleTree，bumphunter，咖啡馆，CAGEfightR，卡斯珀，ChAMPdata，chimeraviz，ChIPanalyser，ChIPComp，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chipseq，chromPlot，chromstaR，chromswitch，CINdex，cn.mops，cnvGSA，CNVPanelizer，CNVRanger，可可，我思，compEpiTools，consensusSeekeR，CSAR，csaw，CSSQ，deepSNV，DEScan2，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffHic，DMCFB，DMCHMM，DMRcaller，DMRforPairs，DNAshapeR，EatonEtAlChIPseq，EnrichedHeatmap，ensembldb，ensemblVEP，epigenomix，epihet，esATAC，EuPathDB，ExCluster，exomeCopy，extraChIPs，fastseg，fCCAC，FindIT2，FunChIP，GeneBreak，geneRxCluster，GenomicAlignments，GenomicDistributions，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicOZone，GenomicScores，GenomicTuples，gmapR，gmoviz，GMRP，哥特，GreyListChIP，groHMM，gtrellis，GUIDEseq，吉他，Gviz，HelloRanges，hiAnnotator，HiTC，IdeoViz，igvR，InTAD，intansv，InteractionSet，感兴趣，IWTomics，karyoploteR，liftOver，m6Aboost，微波激射器，工商管理硕士，梅丽莎，metagene，metagene2，methimpute，methylKit，methylPipe，minfi，MotifDb，msgbsR，MutationalPatterns，NADfinder，nullrangesData，OmicCircos，ORFik，periodicDNA，plyranges，podkat，QuasR，r3Cseq，RaggedExperiment，ramr，Rcade，收回，地区，RepViz，rGREAT，riboSeqR，ribosomeProfilingQC，RJMCMCNucleosomes，RNAmodR，RnBeads，RnBeads.hg19，RnBeads.hg38，RnBeads.mm10，RnBeads.mm9，RnBeads.rn5，Rsamtools，RSVSim，rtracklayer，Scale4C，SCATEData，范围，segmentSeq，seqbias，seqCAT，SeqGate，测序，SGSeq，SICtools，SigFuge，击杀，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SomaticSignatures，有尖刺的，StructuralVariantAnnotation，SummarizedExperiment，svaNUMT，svaRetro，TarSeqQC，三硝基甲苯，trackViewer，TransView，tra利用，tRNA，tRNAdbImport，tRNAscanImport，VanillaICE，VarCon，VariantAnnotation，VariantExperiment，VariantTools，VplotR，vtpnet，火神，wavClusteR，WGSmapp，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，YAPSA
进口我	王牌，ALDEx2，高山，amplican，AnnotationFilter，annotatr，APAlyzer，apeglm，appreci8R，ArrayExpressHTS，ASpediaFI，ASpli，AssessORF，ATACseqQC，atena，BadRegionFinder，舞会礼服，bambu，bamsignals，BBCAnalyzer，beadarray，击败，BiFET，BiocOncoTK，BioPlex，BioTIP，biovizBase，biscuiteer，BiSeq，BOBaFIT，北欧化工，brainflowprobes，分歧点，BRGenomics，BSgenome，BUSpaRse，cageminer，篮球选手，cBioPortalData，CexoR，冠军，别致的，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPseeker，chipseq，ChIPseqR，chromDraw，ChromHeatMap，ChromSCape，chromVAR，西塞罗，circRNAprofiler，cleanUpdTSeq，cliProfiler，cn，CNVfilteR，CNViz，CNVMetrics，comapr，彗星，coMethDMR，compartmap，contiBAIT，conumee，copynumber，CopyNumberPlots，文案，COSMIC.67，CoverageView，crisprBase，crisprBowtie，CRISPRseek，crisprseekplus，CrispRVariants，customProDB，DAMEfinder，dasper，debrowser，decompTumor2Sig，deconvR，位深蓝，反编排，DegNorm，deltaCaptureC，derfinder，derfinderPlot，DEWSeq，diffloop，diffUTR，DMRcate，DMRScan，dmrseq，DominoEffect，DRIMSeq，DropletUtils，easyRNASeq，EDASeq，eisaR，埃尔默，ELMER.data，enhancerHomologSearch，enrichTF，epialleleR，EpiCompare，epidecodeR，epigraHMM，epimutacions，epistack，EpiTxDb，epivizr，epivizrData，erma，EventPointer，exomePeak2，fcScan，FilterFFPE，鱼池，fitCons.UCSC.hg19，火焰，弗雷泽，GA4GHclient，gcapc，genbankr，geneAttribution，GeneGeneInteR，《创世纪》，GeneStructureTools，GenoGAM，genomation，genomeIntervals，GenomicAlignments，GenomicDataCommons，GenomicDistributionsData，GenomicInteractionNodes，GenomicInteractions，genotypeeval，GenVisR，ggbio，GOfuncR，gpart软件，GRaNIE，gwascat，h5vc，的热图，爱马仕，HiCBricks，HiCcompare，HiCDCPlus，HilbertCurve，希尔达，hiReadsProcessor，HTSeqGenie，蜂鸟，icetea，理想的，idr2d，ima，InPAS，检查，InterMineR，ipdDb，IsoformSwitchAnalyzeR，isomiRs，iteremoval，iva，karyoploteR，leeBamViews，loci2path，萝拉，LoomExperiment，光民，MACPET，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38，MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38，mCSEA，联合化疗，餐，MEDIPS，megadepth，模因，metaseqR2，MethCP，methInheritSim，MethReg，methrix，methylCC，methylInheritance，MethylSeekR，MethylSeqData，methylSig，methylumi，MinimumDistance，米拉，missMethyl，mitoClone2，MMAPPR2，MMDiff2，Modstrings，蒙娜丽莎，马赛克，Motif2Site，motifbreakR，motifmatchr，MouseFM，MSA2dist，MultiAssayExperiment，multicrispr，MultiDataSet，multiHiCcompare，MungeSumstats，musicatk，NanoMethViz，nanotatoR，ncRNAtools，nearBynding，netDx，NoRCE，normr，诊断，nullranges，NxtIRFcore，奥得河，食人魔，oligoClasses，OmaDB，openPrimeR，Organism.dplyr，OrganismDbi，先驱者，packFinder，网页排名，panelcn.mops，过去的，pcaExplorer，pepDat，pepStat，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，PhIPData，π，图片，平，pqsfinder，婴儿车，prebs，preciseTAD，PrecisionTrialDrawer，primirTSS，高伦雅芙，proBAMr，profileplyr，ProteoDisco，PureCN，Pviz，pwOmics，QDNAseq，qpgraph，qsea，Qtlizer，R3CPET，R453Plus1Toolbox，RareVariantVis，美国广播公司，rCGH，RcisTarget，重新计票，recount3，recountWorkflow，地区，regionReport，regutools，REMP，Repitools，rfPred，rGADEM，RGMQL，Rhisat2，RiboCrypt，RiboDiPA，RiboProfiling，RIPAT，RLSeq，Rmmquant，rmspc，rnaEditr，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。毫升，RNAmodR。RiboMethSeq，咆哮，RTCGAToolbox，scanMiR，scanMiRApp，SCATE，scDblFinder，scmeth，scoreInvHap，scPipe，scRNAseq，颈背，天窗，裂殖体，seq2pathway，SeqArray，seqPattern，seqsetvis，SeqSQC，SeqVarTools，芝麻，sesameData，sevenC，shinyepico，ShortRead，签名者，SigsPack，SimFFPE，SingleCellExperiment，SingleMoleculeFootprinting，sitadela，snapcount，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38，soGGi，SomaticCancerAlterations，SparseSignatures，spatialLIBD，spatzie，SpectralTAD，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，斯坦，strandCheckR，systemPipeR，TAPseq，目标，TCGAbiolinks，TCGAutils，TCGAWorkflow，TCseq，terraTCGAdata，TFARM，TFBSTools，TFEA。芯片，TFHAZ，tidybulk，TitanCNA，tLOH，tracktables，transcriptR，石棉水泥板，trena，一绺头发，三轮车，三层，tscR，TSRchitect，TVTB，txcutr，tximeta，Ularcirc，UMI4Cats，uncoverappLib，Uniquorn，VariantFiltering，VariantToolsData，VaSP，VCFArray，wiggleplotr，xcore，XNAString，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38
建议我	alternativeSplicingEvents.hg19，alternativeSplicingEvents.hg38，AnnotationHub，自治，BeadArrayUseCases，biobroom，BiocGenerics，BiocParallel，CAGEWorkflow，芝加哥，CNVgears，ComplexHeatmap，腰带，epivizrChart，GenomeInfoDb，GenomicState，GeuvadisTranscriptExpr，ggmanh，Glimma，GSReg，GWASTools，HDF5Array，InteractiveComplexHeatmap，interactiveDisplay，IRanges，maftools，海市蜃楼，纳米管，omicsPrint，奥纳西斯，parglms，plotgardener，recountmethylation，RNAmodR。数据，RTCGA，S4Vectors，SeqGSEA，Single.mTEC.Transcriptomes，飞溅，systemPipeRdata，TFutils，universalmotif，updateObject，xcoredata
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包档案

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源包	GenomicRanges_1.48.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicRanges_1.48.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GenomicRanges_1.48.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GenomicRanges
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/GenomicRanges
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicRanges/
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