HDF5Array

DOI:10.18129 / B9.bioc.HDF5Array

这个包是版本3.15的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见HDF5Array。

HDF5后端DelayedArray对象

Bioconductor版本:3.15

实现HDF5Array, H5SparseMatrix, H5ADMatrix和TENxMatrix类，4个方便且内存高效的数组式容器，用于表示和操作:(1)传统(又称密集)HDF5数据集，(2)HDF5稀疏矩阵(以CSR/CSC/Yale格式存储)，(3)h5ad文件的中心矩阵(或/layers组中的任何矩阵)，或(4)10x Genomics稀疏矩阵。所有这些容器都是DelayedArray的扩展，因此支持DelayedArray对象支持的所有操作(延迟的或块处理的)。

作者:hervevev pag

维护者:hervevev pag

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HDF5Array")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

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文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，DataImport，DataRepresentation，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，基础设施，RNASeq，测序，SingleCell，软件
版本	1.24.2
在Bioconductor中	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.4)，方法;DelayedArray(> = 0.15.16),rhdf5(> = 2.31.6)
进口	Utils，统计数据，工具，矩阵，rhdf5filters，BiocGenerics(> = 0.31.5),S4Vectors，IRanges
链接	S4Vectors(> = 0.27.13),Rhdf5lib
建议	BiocParallel，GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 1.15.1),h5vcData，ExperimentHub，TENxBrainData，zellkonverter，GenomicFeatures，RUnit，SingleCellExperiment
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/HDF5Array
BugReports	https://github.com/Bioconductor/HDF5Array/issues
这取决于我	compartmap，GenoGAM，MAGAR，restfulSEData，TENxBrainData，TENxPBMCData
进口我	biscuiteer，bsseq，Cepo，clusterExperiment，curatedTCGAData，cytomapper，DelayedTensor，DropletUtils，弗雷泽，GenomicScores，glmGamPoi，GSVA，HCAData，imcdatasets，LoomExperiment，MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38，MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38，methrix，MethylSeqData，minfi，MOFA2，netSmooth，NxtIRFcore，recountmethylation，scmeth，用水晶球占卜，signatureSearch，SingleCellMultiModal，spatialHeatmap，TabulaMurisSenisData，transformGamPoi
建议我	beachmat，BiocSklearn，cellxgenedp，DelayedArray，DelayedMatrixStats，iSEE，桅杆，mbkmeans，metabolomicsWorkbenchR，MuData，MultiAssayExperiment，PDATK，QFeatures，SCArray，scMerge，食物，SummarizedExperiment，zellkonverter
链接到我
构建报告

包档案

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源包	HDF5Array_1.24.2.tar.gz
Windows二进制	HDF5Array_1.24.2.zip
macOS二进制文件(x86_64)	HDF5Array_1.24.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/HDF5Array
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/HDF5Array
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/HDF5Array/
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