Macpet

doi：10.18129/b9.bioc.macpet

配对数据的基于模型的分析

生物导体版本：版本（3.15）

Macpet软件包可用于CHIA-PET数据的完整交互分析。Macpet以BAM或SAM格式读取CHIA-PET数据，并将数据分离为自连接的，内和染色体间宠物。此外，MACPET将基因组分解为区域，并应用2D混合模型，以使用偏斜的广义学生-T分布（SGT）识别候选峰/结合位点。然后，它使用局部泊松模型来查找重要的结合位点。最后，它运行了一个加性相互作用模型，用于呼吁这些峰之间的显着相互作用。Macpet主要用C ++编写，它还支持BioCaralalleal Package。

作者：ioannis vardaxis

维护者：ioannis vardaxis

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ macpet”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ macpet”）

PDF	R脚本	Macpet
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	分类，，，，聚类，，，，DNA3STRUCTURE，，，，嗝，，，，峰值探测，，，，软件，，，，统计信息
版本	1.15.1
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.6.1），互动集（> = 1.13.0），BigMemory（> = 4.5.33），BH（> = 1.66.0.1），RCPP（> = 1.0.1）
进口	间隔（> = 0.15.1），plyr（> = 1.8.4），rsamtools（> = 2.1.3），stats（> = 3.6.1），utils（> = 3.6.1），方法（> = 3.6.1），基因组机（> = 1.37.14），S4VECTORS（> = 0.23.17），iranges（> = 2.19.10），GenomeInfodB（> = 1.21.1），gtools（> = 3.8.1），基因组签名（> = 1.21.4），尼特（> = 1.23），rtracklayer（> = 1.45.1），生物比较（> = 1.19.0），rbowtie（> = 1.25.0），地球（> = 2.53.0），生物弦（> = 2.53.2），Shortread（> = 1.43.0），徒劳（> = 1.4.3）
链接	RCPP，，，，BigMemory，，，，BH
建议	GGPLOT2（> = 3.2.0），Igraph（> = 1.2.4.1），rmarkDown（> = 1.14），RESHAPE2（> = 1.4.3），生物使用（> = 2.13.2）
系统要求	C ++ 11
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	macpet_1.15.1.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/macpet
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/macpet
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/macpet/
软件包下载报告	下载统计