biomaRt

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomaRt

这个包是版本3.15的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见biomaRt．

与BioMart数据库的接口(例如Ensembl)

Bioconductor版本:3.15

近年来，在公共数据存储库中出现了大量的生物数据。全面的生物信息学数据分析需要方便地访问这些有价值的数据资源并与数据分析紧密结合。biomaRt为实现biomaRt软件套件的不断增长的数据库集合提供接口( ）.该包支持以统一的方式检索大量数据，而不需要了解底层数据库模式或编写复杂的SQL查询。生物艺术数据库中最突出的例子是由Ensembl维护的，它为生物艺术用户提供了对各种数据集的直接访问，并实现了从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者:斯蒂芬·杜林克[中文]，沃尔夫冈·休伯[中文]，肖恩·戴维斯[中文]，弗朗索瓦·佩平[中文]，文斯·S·布法罗[中文]，迈克·史密斯[中文，中文]

维护者:Mike Smith

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biomaRt")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“biomaRt”)

超文本标记语言	R脚本	使用biomaRt访问Ensembl注释
超文本标记语言	R脚本	使用BioMart而不是Ensembl
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，软件
版本	2.52.0
在Bioconductor中	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法
进口	跑龙套,XML(> = 3.99 - -0.7),AnnotationDbi，进步，stringr，httr，消化，BiocFileCache，rappdirs，xml2
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，嘲笑
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	注释，BrainSABER，chromPlot，彗星，customProDB，DrugVsDisease，genefu，GenomicOZone，MineICA，NetSAM，PPInfer，PSICQUIC，RepViz，寿司，VegaMC
进口我	ArrayExpressHTS，ASpediaFI，BadRegionFinder，BgeeCall，分歧点，BUSpaRse，ChIPpeakAnno，CHRONOS，conclus，dagLogo，DEXSeq，diffloop，DominoEffect，drugTargetInteractions，easyRNASeq，EDASeq，埃尔默，epimutacions，ExpHunterSuite，弗雷泽，GDCRNATools，GeneAccord，GenomicFeatures，GenVisR，gespeR，glmSparseNet，GOexpress，goSTAG，gpart软件，Gviz，爱马仕，InterCellar，等压线，花边，mCSEA，MEDIPS，MetaboSignal，metaseqR2，MGFR，MouseFM，NoRCE，OncoScore，oposSOM，ORFik，pcaExplorer，phenoTest，PrecisionTrialDrawer，pRoloc，ProteoMM，psygenet2r，pwOmics，R453Plus1Toolbox，ramwas，收回，rgsepd，RIPAT，RnaSeqSampleSize，scPipe，seq2pathway，SeqGSEA，sitadela，分裂，海绵，surfaltr，SWATH2stats，TCGAbiolinks，TCGAWorkflow，TEKRABber，TFEA。芯片，TimiRGeN，transcriptogramer，trena，ViSEAGO，XCIR，纱
建议我	AnnotationForge，bioassayR，BloodCancerMultiOmics2017，ccTutorial，celda，cellTree，chromstaR，ClusterJudge，CNVgears，ctgGEM，cTRAP，epistack，fedup，小伙子，GRaNIE，h5vc，leeBamViews，MAGeCKFlute，马提尼，massiR，MethReg，MineICA，miQC，海市蜃楼，MutationalPatterns，netSmooth，益生元，OrganismDbi，钢琴，Pigengene，后代，PubScore，R3CPET，Rcade，RegParallel，RforProteomics，RnBeads，rTRM，嘘，ShortRead，SIM卡，sincell，SummarizedBenchmark，trackViewer，wiggleplotr，zinbwave
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	biomaRt_2.52.0.tar.gz
Windows二进制	biomaRt_2.52.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	biomaRt_2.52.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/biomaRt
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/biomaRt
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/biomaRt/
软件包下载报告	下载数据