coexnet

DOI:10.18129 / B9.bioc.coexnet

coexnet:一个用微阵列数据构建CO-EXpression网络的R包

Bioconductor版本:Release (3.15)

从GEO数据集中提取基因表达矩阵。CEL文件)作为AffyBatch对象。另外,可以使用两种不同的方法(vsn和rma)使归一化过程。总结(从多个探针传递到一个基因)使用两个不同的标准(样本表达数据的最大值和中位数)和基因差异表达分析的过程使用两种方法(sam和acde)。共表达网络的构建可以使用两种不同的方法,皮尔逊相关系数(PCC)或互信息(MI),并使用图论方法选择阈值。

作者:Juan David Henao [aut,cre], Liliana Lopez-Kleine [aut], Andres Pinzon-Velasco [aut]

维护者:Juan David Henao

引文(从R内,输入引用(“coexnet”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

PDF 参考手册

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGraphAndNetwork微阵列网络NetworkInference归一化软件SystemsBiology
版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证 LGPL
取决于 R (>= 3.6)
进口 affysiggenesGEOqueryvsnigraphacdeBiobaselimma,图形,统计,utils,STRINGdbSummarizedExperimentminetrmarkdown
链接
建议 RUnitBiocGenericsknitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coexnet
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/coexnet
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/coexnet/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一: