crossmeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.crossmeta

此包适用于Bioconductor 3.15版;有关稳定的最新发布版本，请参见crossmeta．

微阵列数据的跨平台元分析

Bioconductor版本:3.15

实现Affymentrix, Illumina和Agilent微阵列数据的跨平台和跨物种荟萃分析。这个包可以自动执行常见的任务，比如下载、规范化和注释原始GEO数据。然后，用户选择对照和处理样本，以便对所有比较进行差异表达分析。在分别分析了每个对比之后，用户可以为每个对比选择组织来源，并指定任何组织来源应该分组用于随后的荟萃分析。

作者:Alex Pickering

维护者:Alex Pickering

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("crossmeta")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“crossmeta”)

超文本标记语言	R脚本	crossmeta装饰图案
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	注释，BatchEffect，DifferentialExpression，GUI，GeneExpression，微阵列，OneChannel，预处理，软件，TissueMicroarray，转录
版本	1.22.1
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	affy(> = 1.52.0),affxparser(> = 1.46.0),AnnotationDbi(> = 1.36.2),Biobase(> = 2.34.0),BiocGenerics(> = 0.20.0),BiocManager(> = 1.30.4),DT(> = 0.2),DBI(> = 1.0.0),data.table(> = 1.10.4),刨边机，fdrtool(> = 1.2.15),GEOquery(> = 2.40.0),limma(> = 3.30.13),matrixStats(> = 0.51.0),metaMA(> = 3.1.2),miniUI(>= 0.1.1)，方法益生元(> = 1.38.0),读者(> = 1.0.6),RCurl(> = 1.95.4.11),RSQLite(> = 2.1.1),stringr(> = 1.2.0),股东价值分析(> = 3.22.0),闪亮的(> = 1.0.0),shinyjs(> = 2.0.0),shinyBS(> = 0.61),shinyWidgets(> = 0.5.3),shinypanel(> = 0.1.0),宠物猫，XML(> = 3.98.1.17),readxl(> = 1.3.1)
链接
建议	knitr，rmarkdown，lydata，org.Hs.eg.db，testthat
SystemRequirements	Libxml2: Libxml2 -dev (deb)， Libxml2 -devel (rpm) libcurl: libcurl4-openssl-dev (deb)， libcurl-devel (rpm) openssl: libssl-dev (deb)， openssl-devel (rpm)， libssl_dev (csw)， openssl@1.1 (brew)
增强了
URL	https://github.com/alexvpickering/crossmeta
BugReports	https://github.com/alexvpickering/crossmeta/issues
这取决于我
进口我
建议我	ccmap
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	crossmeta_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	crossmeta_1.22.1.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	crossmeta_1.22.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crossmeta
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/crossmeta
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/crossmeta/
软件包下载报告	下载数据