debrowser

DOI:10.18129 / B9.bioc.debrowser

交互式差分表达式分析浏览器

Bioconductor版本:发布(3.15)

生物信息学平台，包含用于差异基因和区域表达研究的交互式图和表。允许以交互和更快的方式更深入地可视化表达式数据。通过改变参数，用户可以很容易地发现以前从未做过的数据的不同部分。手动创建和查看这些图需要时间。使用DEBrowser，用户无需编写任何代码即可编写情节。在现场进行了差异表达、主成分分析和聚类分析，并将结果显示在散点图、条形图、箱形图、火山图、ma图和Heatmaps等各种图中。

作者:Alper Kucukural < Alper。umassmed.edu b>，Onur Yukselen , Manuel Garber

维护者:Alper kuucukural < Alper。umassmed.edu b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("debrowser")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“debrowser”)

超文本标记语言	R脚本	DEBrowser装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeq，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	闪亮的，jsonlite，shinyjs，shinydashboard，shinyBS，gplots，DT，ggplot2，RColorBrewer，注释，AnnotationDbi，DESeq2，剂量，igraph，设备，图形，统计，utils，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，SummarizedExperiment，stringi，reshape2，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，limma，刨边机，clusterProfiler、方法、股东价值分析，RCurl，enrichplot，colourpicker，情节，的热图，哈曼，pathview，apeglm，ashr
链接
建议	testthat，rmarkdown，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/UMMS-Biocore/debrowser
BugReports	https://github.com/UMMS-Biocore/debrowser/issues/new
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	debrowser_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	debrowser_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	debrowser_1.24.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/debrowser
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/debrowser
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/debrowser/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.15的旧源包	源存档