ensemblVEP

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensemblVEP

集成变量效应预测器的接口

Bioconductor版本:发布(3.15)

通过perl API查询Ensembl Variant Effect Predictor。

作者:Valerie Obenchain和Lori Shepherd

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ensemblVEP")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“ensemblVEP”)

PDF	R脚本	ensemblVEP
PDF	R脚本	PreV90EnsemblVEP
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	注释，单核苷酸多态性，软件，VariantAnnotation
版本	1.38.0
在Bioconductor中	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics，GenomicRanges，VariantAnnotation
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),Biostrings，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb,统计数据
链接
建议	RUnit
SystemRequirements	需要安装Ensembl VEP (API版本105)和Perl模块DBI和DBD::mysql。请参阅README包和Ensembl安装说明:http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#installer
增强了
URL
这取决于我
进口我	MMAPPR2，TVTB
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	ensemblVEP_1.38.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	ensemblVEP_1.38.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ensemblVEP
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ensemblVEP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ensemblVEP/
软件包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档