生物导体版本:版本(3.15)
Phantasus是用于视觉和交互式基因表达分析的网络应用。Phantasus基于Morpheus,该软件是一种用于热图可视化和分析的软件,该软件通过OpenCPU API与R环境集成在一起。除了基本的可视化和过滤方法外,还支持基于R的方法,例如K-均值聚类,主成分分析或Limma软件包的差异表达分析。
作者:Daria Zenkova [aut],Vladislav Kamenev [aut],Rita Sablina [CTB],Maxim Kleverov [CTB],Maxim Artyomov [aut],Alexey Sergushichichev [aut,Cre,Cre,Cre,CRE]
维护者:gmail.com上的Alexey Sergushichev
引用(从r内,输入引用(“ phantasus”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ Phantasus”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Phantasus”)
html | R脚本 | 使用Phantasus应用 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | 聚类,,,,datarepresentation,,,,差异性,,,,GUI,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,微阵列,,,,正常化,,,,委托人,,,,rnaseq,,,,软件,,,,转录组学,,,,可视化 |
版本 | 1.16.2 |
在生物导体中 | Bioc 3.7(R-3.5)(4年) |
执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
要看 | R(> = 3.5) |
进口 | GGPLOT2,,,,原石,,,,生物酶,,,,地球,,,,车,,,,htmltools,,,,httpuv,,,,jsonlite,,,,林玛,,,,OPENCPU,,,,断言, 方法,httr,,,,RHDF5,utils,并行,Stringr,,,,fgsea(> = 1.9.4),svglite,,,,gtable,统计矩阵,,,,pheatmap,,,,秤,,,,CCAPP,网格,grdevices,AnnotationDbi,,,,deseq2,,,,Data.Table,,,,卷曲 |
链接 | |
建议 | 测试,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://genome.ifmo.ru/phantasushttps://artyomovlab.wustl.edu/phantasus |
BugReports | https://github.com/ctlab/phantasus/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | phantasus_1.16.2.tar.gz |
Windows二进制 | phantasus_1.16.2.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | phantasus_1.16.2.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phantasus |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/phantasus |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/phantasus/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |
Bioc 3.15的旧源软件包 | 来源存档 |
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