Bioconductor版本:版本(3.15)
探索和下载的数据重新计票的项目可以在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/。使用重新计票的包你可以下载RangedSummarizedExperiment对象在基因外显子或exon-exon连接水平,原始计数,表现型元数据使用,样例报道有重大影响的文件的url或平均覆盖率权贵文件为特定的研究。RangedSummarizedExperiment对象可以使用不同的包进行差异表达分析。使用//www.andersvercelli.com/packages/derfinder可以执行annotation-agnostic微分表达式分析与叙述的数据项目描述:http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full/nbt.3838.html。
作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre)因此Nellore[所有],安德鲁·e·贾菲(施)玛格丽特·a·托布(施)Kai Kammers[所有],香农·e·埃利斯(施),Kasper丹尼尔·汉森(施),本Langmead(施)黑色,杰弗里·t .韭菜(aut)
维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcolladotor gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“讲述”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“讲述”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“讲述”)
HTML | R脚本 | 基本DESeq2结果探索 |
HTML | R脚本 | 重新计票快速入门指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 报道,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件 |
版本 | 1.22.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment |
进口 | BiocParallel,derfinder,下载器,GEOquery,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges、方法、RCurl,rentrez,rtracklayer(> = 1.35.3),S4Vectors统计,跑龙套 |
链接 | |
建议 | AnnotationDbi,BiocManager,BiocStyle(> = 2.5.19),DESeq2,sessioninfo,EnsDb.Hsapiens.v79,GenomicFeatures,knitr(> = 1.6),org.Hs.eg.db,RefManageR,regionReport(> = 1.9.4),rmarkdown(> = 0.9.5),testthat(> =魅惑,covr,pheatmap,DT,刨边机,ggplot2,RColorBrewer |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/leekgroup/recount |
BugReports | https://support.bioconductor.org/t/recount/ |
取决于我 | |
进口我 | psichomics,recountWorkflow,RNAAgeCalc,RnaSeqSampleSize |
建议我 | dasper,奥得河,recount3 |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | recount_1.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | recount_1.22.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | recount_1.22.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/重新计票 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/recount/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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