scDblFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDblFinder

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scDblFinder。

scDblFinder

Bioconductor版本:3.15

scDblFinder包收集检测和处理的各种方法对比双/多胎在单细胞测序数据(即多个单元内捕获相同的液滴或反应体积)。它包括方法以前发现的食物包,新的快速和全面的scDblFinder方法,重新实现单细胞ATAC-seq护身符检测方法。

作者:Pierre-Luc日尔曼(cre, aut)亚伦Lun(施)

维护人员:Pierre-Luc日尔曼< Pierre-Luc。日尔曼在hest.ethz.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scDblFinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scDblFinder”)

HTML	R脚本	1 _introduction
HTML	R脚本	2 _scdblfinder
HTML	R脚本	3 _finddoubletclusters
HTML	R脚本	4 _computedoubletdensity
HTML	R脚本	5 _recoverdoublets
HTML	R脚本	6 _scatac
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq,预处理,RNASeq,SingleCell,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	igraph,矩阵,BiocGenerics,BiocParallel,BiocNeighbors,BiocSingular,S4Vectors,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,食物,嘘,天窗,咆哮、方法、DelayedArray,xgboost,统计,跑龙套,质量,IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,Rsamtools,rtracklayer
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,scRNAseq,circlize,ComplexHeatmap,ggplot2,dplyr,viridisLite,mbkmeans
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/plger/scDblFinder
BugReports	https://github.com/plger/scDblFinder/issues
取决于我	OSCA.advanced
进口我	singleCellTK
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	scDblFinder_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	scDblFinder_1.10.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	scDblFinder_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDblFinder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scDblFinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scDblFinder/
包下载报告	下载数据