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Bioconductor工作流程包
Bioconductor版本:Release (3.15)
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| 注释 | 生物导体包维护者 | 基因组注释资源 |
| 数组 | 生物导体包维护者 | 利用生物导体进行微阵列分析 |
| BiocMetaWorkflow | 迈克•史密斯 | 关于发布生物工作流 |
| BP4RNAseq | 令太阳 | 一个保姆的可复制rna序列分析包 |
| CAGEWorkflow | 马尔特Thodberg | 使用R/Bioconductor分析CAGE数据的分步指南 |
| chipseqDB | 亚伦Lun | 一个Bioconductor工作流来检测ChIP-seq数据中的差异绑定 |
| csawUsersGuide | 亚伦Lun | csaw用户指南 |
| cytofWorkflow | 马克·d·罗宾逊 | CyTOF工作流程:高通量高维细胞术数据集的差异发现 |
| EGSEA123 | 马修·里奇 | 简单高效的EGSEA集成基因集检测 |
| ExpHunterSuite | 詹姆斯·珀金斯 | 转录组数据综合分析包 |
| ExpressionNormalizationWorkflow | Karthikeyan Murugesan | 基因表达规范化工作流程 |
| fluentGenomics | 斯图尔特•李 | 一个plyranges和tximeta工作流程 |
| generegulation | 生物导体包维护者 | 通过序列匹配寻找已知转录因子的候选结合位点 |
| GeoMxWorkflows | 杰森·里夫斯 | GeoMx数字空间分析器(DSP)数据分析工作流程 |
| highthroughputassays | 生物导体包维护者 | 使用生物导体高通量分析 |
| liftOver | 生物导体包维护者 | 使用rtracklayer::liftOver改变基因组坐标系 |
| maEndToEnd | 斯蒂芬妮Reisenauer | 使用Affymetrix微阵列进行差异基因表达的端到端工作流程 |
| methylationArrayAnalysis | Jovana Maksimovic | 用于分析甲基化阵列数据的跨包Bioconductor工作流。 |
| 蛋白质组学 | 劳伦特与 | 质谱和蛋白质组学数据分析 |
| recountWorkflow | 莱昂纳多Collado-Torres | 详细描述工作流程:使用Bioconductor访问超过70,000个人类RNA-seq样本 |
| RNAseq123 | 马修·里奇 | 使用limma, Glimma和edgeR, RNA-seq分析像1-2-3一样简单 |
| rnaseqDTU | 迈克尔的爱 | RNA-seq工作流用于Salmon量化后的差异转录本使用 |
| rnaseqGene | 迈克尔的爱 | RNA-seq工作流程:基因级探索性分析和差异表达 |
| RnaSeqGeneEdgeRQL | Yunshun陈 | 使用Rsubread和edgeR准似然管道进行基因水平RNA-seq差异表达和通路分析 |
| 测序 | 生物导体包维护者 | 序列数据生物导体简介 |
| simpleSingleCell | 亚伦Lun | Bioconductor单细胞RNA-seq数据低层次分析的分步工作流程 |
| SingscoreAMLMutations | Dharmesh D. Bhuva | 利用singscore从转录组特征预测AML突变 |
| TCGAWorkflow | Tiago Chedraoui Silva | 使用Bioconductor软件包分析癌症基因组学和表观基因组学数据 |
| 变体 | 生物导体包维护者 | 注释基因组变异 |
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Bioconductor的稳定，每半年发布一次:
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- 2.2 (2.7)
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- 2.0 (2.5)
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- 1.8 (2.3)
- 1.7 (2.2)
- 1.6 (2.1)
释放公告．
