DropletUtils

DOI:10.18129 / B9.bioc.DropletUtils

这是发展DropletUtils版本;稳定版请参见DropletUtils．

处理单细胞液滴数据的实用程序

Bioconductor版本:开发(3.16)

提供许多实用函数，用于处理来自液滴技术(如10X Genomics)的单细胞(RNA-seq)数据。这包括从计数矩阵或分子信息文件中加载数据，从空液滴中识别细胞，删除条形码交换的伪细胞，以及计数矩阵的下采样。

作者:Aaron Lun [aut]， Jonathan Griffiths [ctb, cre]， Davis McCarthy [ctb]，何东泽[ctb]， Rob Patro [ctb]

维护者:Jonathan Griffiths < Jonathan . Griffiths。94在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("DropletUtils")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DropletUtils”)

超文本标记语言	R脚本	处理基于液滴的单细胞RNA-seq数据的实用程序
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	效用，统计，方法，矩阵，Rcpp，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment，BiocParallel，DelayedArray，DelayedMatrixStats，HDF5Array，rhdf5，刨边机，R.utils，dqrng，beachmat，天窗
链接	Rcpp，beachmat，Rhdf5lib，黑洞，dqrng，天窗
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown，jsonlite，DropletTestFiles
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL
全靠我	OSCA。advanced, OSCA.intro, OSCA。multisample, OSCA.workflows
进口我	scCB2，singleCellTK，猎犬，SpatialExperiment
建议我	DropletTestFiles，mumosa，muscData，Nebulosa
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DropletUtils_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	DropletUtils_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DropletUtils_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DropletUtils
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DropletUtils
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DropletUtils/
软件包下载报告	下载数据