SpatialExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialExperiment

空间解析转录组学数据S4班

Bioconductor版本:发行版(3.16)

定义一个S4类，用于存储来自空间解析转录组学(ST)实验的数据。该类扩展了singlecellexperexperimental，以支持从基于点和基于分子的ST平台存储和检索附加信息，包括空间坐标、图像和图像元数据。一个专门的构造函数包含了来自10x Genomics Visium平台的数据。

作者:达里奥·里加里[aut, cre]，达维德·里索[aut]，海伦娜·l·克罗韦尔[aut]，卢卡斯·m·韦伯[aut]

维护者:Dario Righelli < Dario。在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SpatialExperiment")

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文档

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browseVignettes(“SpatialExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	空间实验课程简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，ImmunoOncology，基础设施，SingleCell，软件，空间，转录组
版本	1.8.0
在Bioconductor公司	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,SingleCellExperiment
进口	rjsongrDevices,魔法跑龙套,S4Vectors，SummarizedExperiment，DropletUtils，BiocGenerics，BiocFileCache
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle，BumpyMatrix
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drighelli/SpatialExperiment
BugReports	https://github.com/drighelli/SpatialExperiment/issues
全靠我	ExperimentSubset，imcdatasets，imcRtools，MerfishData，MouseGastrulationData，spatialLIBD，SPIAT，STexampleData，TENxVisiumData，VectraPolarisData，WeberDivechaLCdata
进口我	CTSV，cytomapper，ggspavis，lisaClust，nnSVG，SingleCellMultiModal，spaSim，spatialDE，SpatialFeatureExperiment，spicyR，SpotClean，standR，stJoincount，“航行者”号
建议我	GeomxTools，关注的焦点
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SpatialExperiment_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	SpatialExperiment_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	SpatialExperiment_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SpatialExperiment_1.7.3.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SpatialExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SpatialExperiment
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SpatialExperiment/
软件包下载报告	下载数据