bamsignals

DOI:10.18129 / B9.bioc.bamsignals

从bam文件中提取读取计数信号

Bioconductor版本:Release (3.16)

这个包允许有效地从索引bam文件中获得计数向量。它计算给定基因组范围内的读取次数，并计算读取概况和覆盖概况。它还处理对端数据。

作者:Alessandro Mammana [aut, cre]， Johannes Helmuth [aut]

维护者:Johannes Helmuth < Johannes。Helmuth在laborberlin.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("bamsignals")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“bamsignals”)

超文本标记语言	R脚本	bamsignals包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，测序，软件
版本	1.30.0
在Bioconductor中	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	方法,BiocGenerics，Rcpp(> = 0.10.6),IRanges，GenomicRanges，zlibbioc
链接	Rcpp，Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc
建议	testthat(> = 0.9),Rsamtools，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/lamortenera/bamsignals
BugReports	https://github.com/lamortenera/bamsignals/issues
这取决于我
进口我	AneuFinder，chromstaR，DNAfusion，epigraHMM，karyoploteR，normr，裂殖体
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	bamsignals_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	bamsignals_1.30.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	bamsignals_1.30.0.tgz
macOS二进制(arm64)	bamsignals_1.30.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bamsignals
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/bamsignals/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/bamsignals/
软件包下载报告	下载数据