指南针

DOI:10.18129 / B9.bioc.COMPASS

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅指南针。

单个细胞的组合多官能度分析

Bioconductor版本:3.16

指南针是一个统计框架,使公正分析抗原t细胞的子集。指南针使用贝叶斯层次框架模型所有观察到的cell-subsets并选择最有可能抗原而加快小细胞计数,经常出现在多参数空间。模型提供了一种后验概率每个细胞的特异性的子集,每个样本,可以用于配置主体的外部刺激免疫反应,如感染或接种疫苗。

作者:林林恩,凯文•Ushey格雷格•Finak Ravio Kolde (pheatmap)

维护人员:格雷格Finak < gfinak fhcrc.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“指南针”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“指南针”)

HTML	R脚本	指南针
PDF	R脚本	SimpleCOMPASS
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文本		新闻

细节

biocViews	FlowCytometry,ImmunoOncology,软件
版本	1.36.2
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.0.3)
进口	方法、Rcpp数据。表、RColorBrewer尺度、网格、plyr knitr, abind,线索,grDevices,跑龙套,pdist, magrittr, reshape2, dplyr, tidyr, rlang,BiocStylermarkdown foreach,终结
链接	Rcpp(> = 0.11.0)它
建议	flowWorkspace(> = 3.33.1),flowCore,ncdfFlow闪亮的、testthat devtools,flowWorkspaceDataggplot2,进步
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/RGLab/COMPASS/issues
取决于我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	COMPASS_1.36.2.tar.gz
Windows二进制	COMPASS_1.36.2.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	COMPASS_1.36.2.tgz
macOS二进制(arm64)	COMPASS_1.36.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COMPASS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/指南针
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/COMPASS/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/COMPASS/
包下载报告	下载数据