弗雷泽

DOI:10.18129 / B9.bioc.FRASER

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅弗雷泽。

发现罕见RNA-Seq剪接事件数据

Bioconductor版本:3.16

转录组检测罕见的异常剪接事件概要文件。阅读数比预期autoencoder建模的控制混杂因素的数据。鉴于这些期望,比率假定遵循beta-binomial连接特定的分散分布。例外事件被确定为read-count比率显著偏离这个分布。弗雷泽能够检测可变剪接,而且基因内区保留。计划旨在支持诊断领域的罕见疾病,RNA-seq执行识别异常剪接缺陷。

作者:基督教莫特(aut (cre),伊内斯Scheller (aut),韦森特Yepez[所有],朱利安Gagneur (aut)

维护人员:基督教莫特<莫特在in.tum.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(FRASER)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (FRASER)

PDF	R脚本	弗雷泽:寻找罕见的拼接在RNA-seq均等的数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,报道,遗传学,RNASeq,测序,软件
版本	1.10.2
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	BiocParalleldata.table,Rsamtools,SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbiBBmisc,Biobase,BiocGenerics,biomaRt,BSgenomecowplot,DelayedArray(> = 0.5.11),DelayedMatrixStatsextraDistr泛型,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,ggplot2 grDevices ggrepel,HDF5Array、matrixStats、方法先驱者,pcaMethods,情节pheatmap PRROC RColorBrewer,rhdf5,RsubreadR.utils,S4Vectors统计,宠物猫、工具VGAM跑龙套
链接	Rcpp, RcppArmadillo
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat covr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gagneurlab/FRASER
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	FRASER_1.10.2.tar.gz
Windows二进制	FRASER_1.10.2.zip
macOS二进制(x86_64)	FRASER_1.10.2.tgz
macOS二进制(arm64)	FRASER_1.10.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FRASER
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/弗雷泽
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/FRASER/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/FRASER/
包下载报告	下载数据