FindIT2

DOI:10.18129 / B9.bioc.FindIT2

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FindIT2。

找到有影响力的特遣部队和目标基于multi-omics数据

Bioconductor版本:3.16

这个包实现功能找到有影响力的特遣部队和目标根据不同的输入类型。它有五个模块:多峰多基因annotaion (mmPeakAnno模块),计算潜在监管(calcRP模块),找到影响目标基于ChIP-Seq和RNA-Seq数据(找到有影响力的目标模块),找到有影响力的TF基于不同的输入(找到有影响力的TF模块),计算peak-gene或最大峰值相关性(peakGeneCor模块)。还有其他一些有用的功能整合不同来源的信息,计算你的TF jaccard相似。

作者:广东商(aut (cre)

维修工:广东商< shangguandong1996 163. com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FindIT2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FindIT2”)

HTML	R脚本	介绍FindIT2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,注释,ChIPSeq,GeneRegulation,GeneTarget,MultipleComparison,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicRangesR (> = 3.5.0)
进口	withr,BiocGenerics,GenomeInfoDb,rtracklayer,S4Vectors,GenomicFeaturesggplot2 dplyr rlang,东拼西凑,BiocParallel,qvalueggrepel stringr跑龙套,统计,宠物猫,tidyr,SummarizedExperiment,MultiAssayExperiment,IRanges、进步、purrr glmnet、方法
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr sessioninfo testthat (> = 3.0.0),TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/shangguandong1996/FindIT2
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/FindIT2
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	FindIT2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	FindIT2_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	FindIT2_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	FindIT2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FindIT2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FindIT2
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/FindIT2/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/FindIT2/
包下载报告	下载数据