InPAS

DOI:10.18129 / B9.bioc.InPAS

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InPAS。

识别小说从RNA-seq数据替代聚腺苷酸化网站(PAS)

Bioconductor版本:3.16

可变聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后调控机制发生在大多数人类基因。InPAS有助于发现小说APA网站和微分APA网站从RNA-Seq数据的使用。它利用cleanUpdTSeq微调了APA网站通过消除虚假网站。

作者:Jianhong Ou (aut (cre),叫海波刘(aut),丽华朱莉·朱(aut) Sungmi m .公园(aut),迈克尔·r·格林(aut)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InPAS”)

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细节

biocViews	可变聚腺苷酸化,微分聚腺苷酸化网站使用,基因调控,RNA-seq,软件,转录
版本	2.6.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	AnnotationDbibatchtools,Biobase,Biostrings,BSgenome,cleanUpdTSeqdepmixS4 dplyr,羊群,未来,future.apply,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GenomicFeaturesggplot2,IRanges,limmamagrittr,方法,平行,plyranges,preprocessCore,reshape2 readr RSQLite,统计数据,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	BiocGenericsBiocManager,BiocStyle,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,EnsDb.Hsapiens.v86,EnsDb.Mmusculus.v79rmarkdown knitr,减价,rtracklayerRUnit grDevices,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene
SystemRequirements
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取决于我
进口我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	InPAS_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	InPAS_2.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	InPAS_2.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	InPAS_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InPAS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InPAS
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/InPAS/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/InPAS/
包下载报告	下载数据