ProteoDisco

DOI:10.18129 / B9.bioc.ProteoDisco

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ProteoDisco。

代的定制的蛋白质从基因组变异,变异数据库splice-junctions和手动序列

Bioconductor版本:3.16

促进proteogenomics研究ProteoDisco R是一个包。这房子函数来创建自定义(变体)蛋白质数据库根据用户提交的基因组变异,splice-junctions,融合基因和手动记录序列。可以采用灵活的工作流来满足大量的研究和实验设置。

作者:工作van Riet (cre),韦斯利·范·德·吉尔(aut) Harmen van de威尔(黑色)

维护人员:工作van Riet < jobvriet gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ProteoDisco”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ProteoDisco”)

HTML	R脚本	Overview_Proteodisco
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,蛋白质组学,RNASeq,单核苷酸多态性,测序,软件,VariantAnnotation
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	BiocGenerics(> = 0.38.0),BiocParallel(> = 1.26.0),Biostrings(> = 2.60.1),将军(> = 2.0.0),切肉刀(> = 1.30.0)dplyr (> = 1.0.6),GenomeInfoDb(> = 1.28.0),GenomicFeatures(> = 1.44.0),GenomicRanges(> = 1.44.0),IRanges(> = 2.26.0)、方法(> = 4.1.0)ParallelLogger (> = 2.0.1) plyr (> = 1.8.6) rlang (> = 0.4.11),S4Vectors(> = 0.30.0),宠物猫(> = 3.1.2)tidyr (> = 1.1.3),VariantAnnotation(> = 1.36.0),XVector(> = 0.32.0)
链接
建议	AnnotationDbi(> = 1.54.1),BSgenome(> = 1.60.0),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 3),BiocStyle(> = 2.20.1),DelayedArray(> = 0.18.0)devtools (> = 2.4.2) knitr (> = 1.33), matrixStats(> = 0.59.0),减记(> = 1.1),org.Hs.eg.db(> = 3.13.0)purrr (> = 0.3.4) RCurl (> = 1.98.1.3) readr (> = 1.4.0) ggplot2 (> = 3.3.5) rmarkdown (> = 2.9),rtracklayer(> = 1.52.0)seqinr (> = 4.2.8) stringr (> = 1.4.0) reshape2(> = 1.4.4)量表(> = 1.1.1)testthat (> = 3.0.3),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(> = 3.2.2)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ErasmusMC-CCBC/ProteoDisco
BugReports	https://github.com/ErasmusMC-CCBC/ProteoDisco/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	ProteoDisco_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	ProteoDisco_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ProteoDisco_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ProteoDisco_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ProteoDisco
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ProteoDisco
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ProteoDisco/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ProteoDisco/
包下载报告	下载数据