TraRe

DOI:10.18129 / B9.bioc.TraRe

这个包是Bioconductor的3.16版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅TraRe。

转录重新布线

Bioconductor版本:3.16

TraRe(转录重新布线)是一个R包包含必要的工具来执行几个函数。基于模块的识别基因调控网络(入库单);参考这些模块通过分类重新布线测试;要重塑了模块的可视化分析入库单管制和辍学基因通过派系恢复方法。对于每一个工具,可以生成一个html报告包含有用的信息生成入库单和统计的数据进行测试。这些工具已经开发考虑测序数据(RNA-Seq)。

作者:耶稣De La款Cedeno (cre, aut cph],米克尔Hernaez aut cph,手查尔斯•Blatti (aut (cph)

维护人员:耶稣De La款Cedeno < jdelafuentec在unav.es >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TraRe”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TraRe”)

HTML	R脚本	TraRe:识别的条件依赖于基因调控网络
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,分类,GeneRegulation,GeneTarget,GraphAndNetwork,RNASeq,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	散列,ggplot2、数据、方法、igraph跑龙套,glmnet, vbsr, grDevices, gplots gtools pvclust, R。dqrng跑龙套,SummarizedExperiment,BiocParallel,matrixStats
链接
建议	knitr rmarkdown,BiocGenericsRUnit,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ubioinformat/TraRe/tree/master
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	TraRe_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	TraRe_1.6.3.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	TraRe_1.6.3.tgz
macOS二进制(arm64)	TraRe_1.6.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TraRe
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TraRe
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TraRe/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TraRe/
包下载报告	下载数据