UCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.UCell

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅UCell。

Rank-based签名浓缩为单细胞分析数据

Bioconductor版本:3.16

UCell是单细胞的方案评估基因签名数据集。UCell签名分数,根据Mann-Whitney U统计,健壮的数据集的大小和异构性,及其计算的要求比其他可用的方法减少计算时间和内存,支持大型数据集的处理在几分钟内甚至在机器有限的计算能力。UCell可以应用于任何单细胞数据矩阵,和包括功能直接与SingleCellExperiment和修对象交互。

作者:马西莫Andreatta (aut (cre)圣地亚哥·卡(aut)

维护人员:马西莫Andreatta <马西莫。在unil.ch andreatta >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“UCell”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“UCell”)

HTML	R脚本	1。基因签名UCell得分
HTML	R脚本	2。用UCell SingleCellExperiment
HTML	R脚本	3所示。用UCell修
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays,GeneExpression,GeneSetEnrichment,SingleCell,软件,转录组
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	方法,数据。表(> = 1.13.6)矩阵,BiocParallel,BiocNeighbors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment
链接
建议	修,嘘,scRNAseqreshape2拼凑,ggplot2,BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/carmonalab/UCell
BugReports	https://github.com/carmonalab/UCell/issues
取决于我
进口我	逃避
建议我	SCpubr
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	UCell_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	UCell_2.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	UCell_2.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	UCell_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/UCell
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ UCell
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/UCell/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/UCell/
包下载报告	下载数据