atena

DOI:10.18129 / B9.bioc.atena

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅atena。

转位因子的分析

Bioconductor版本:3.16

转位因子的量化表达式(te)从RNA-seq数据通过不同的方法,包括ERVmap、TEtranscripts和望远镜。提供了一个公共接口使用这些方法,包括建立一个参数对象,调用这个对象的量化函数并得到一个SummarizedExperiment对象作为输出量化表达谱的容器。实现允许一个量化的te和基因转录一个集成的方式。

作者:Beatriz Calvo-Serra (aut (cre),罗伯特·Castelo (aut)

维护人员:Beatriz Calvo-Serra < Beatriz。卡尔沃upf.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“atena”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“atena”)

HTML	R脚本	介绍atena包
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文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,GeneExpression,预处理,RNASeq,测序,软件,转录,转录组
版本	1.4.1
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1),SummarizedExperiment
进口	方法、统计数据矩阵,BiocGenerics,BiocParallel,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,GenomicAlignments,Rsamtools,GenomeInfoDbSQUAREM,sparseMatrixStats,AnnotationHub尺度,matrixStats
链接
建议	covr,BiocStyle,rmarkdown knitr RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/functionalgenomics/atena
BugReports	https://github.com/functionalgenomics/atena/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	atena_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	atena_1.4.1.zip
macOS二进制(x86_64)	atena_1.4.1.tgz
macOS二进制(arm64)	atena_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/atena
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ atena
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/atena/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/atena/
包下载报告	下载数据