netboxr

DOI:10.18129 / B9.bioc.netboxr

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅netboxr。

netboxr

Bioconductor版本:3.16

NetBox是一种基于网络的方法,结合先验知识和网络聚类算法。算法可以识别相结合的功能模块,并允许多个数据类型,如突变和拷贝数变化。NetBox上执行网络分析人机交互网络,并预置了人机交互的网络(HIN)来自四个文学策划数据源,包括人类蛋白质参考数据库(HPRD) Reactome, NCI-Nature通路相互作用(PID)数据库,和MSKCC癌细胞地图。

作者:Eric Minwei刘(aut (cre),奥古斯汀Luna (aut),伊桑·赛拉米(aut),克里斯·桑德(aut)

维护人员:Eirc Minwei刘< emliu。研究在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“netboxr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“netboxr”)

HTML	R脚本	NetBoxR教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,KEGG,网络,NetworkEnrichment,通路,Reactome,软件,SystemsBiology
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	LGPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0), igraph(> = 1.2.4.1)平行
进口	RColorBrewer, DT,统计数据,clusterProfiler、数据。表、gplots jsonlite plyr
链接
建议	paxtoolsr,BiocStyle,org.Hs.eg.db,rmarkdown knitr testthat cgdsr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	netboxr_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	netboxr_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	netboxr_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)	netboxr_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netboxr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netboxr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/netboxr/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/netboxr/
包下载报告	下载数据