orthogene

DOI:10.18129 / B9.bioc.orthogene

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅orthogene。

种间基因图谱

Bioconductor版本:3.16

“orthogene”是一个R包方便在数百种映射的直系同源基因。它把最新的基因直接同源映射在* * 700 +生物* *。它还提供了各种实用功能聚合/扩大共同对象(例如data.frames、基因表达矩阵、列表)使用* * 1:1 * *,* *很多:1 * * * * 1:许多* *或* *:* *许多基因映射,在物种之间。

作者:布莱恩席尔德(cre)

维护人员:布莱恩席尔德< brian_schilder alumni.brown.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“orthogene”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“orthogene”)

HTML	R脚本	码头工人
HTML	R脚本	推断物种
HTML	R脚本	orthogene
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics,GeneExpression,遗传学,系统发生学,预处理,软件,转录组
版本	1.4.2
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	dplyr、方法、统计,跑龙套,矩阵,jsonlite, homologene, gprofiler2 babelgene,数据。表、平行ggplot2 ggpubr,拼凑,DelayedArray嗯……,repmisggtree、工具
链接
建议	knitr rworkflows,遥控器,BiocStyle、减价、rmarkdown testthat(> = 3.0.0),肩扛,魔法,GenomeInfoDbData、猿、phytools rphylopic (> = 1.0.0) TreeTools, ggimage,OmaDB
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/neurogenomics/orthogene
BugReports	https://github.com/neurogenomics/orthogene/issues
取决于我
进口我	EWCE
建议我	MACP
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	orthogene_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	orthogene_1.4.2.zip
macOS二进制(x86_64)	orthogene_1.4.2.tgz
macOS二进制(arm64)	orthogene_1.4.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/orthogene
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ orthogene
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/orthogene/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/orthogene/
包下载报告	下载数据