phantasus

DOI:10.18129 / B9.bioc.phantasus

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅phantasus。

视觉和互动的基因表达分析

Bioconductor版本:3.16

Phantasus是视觉和交互的web应用程序基因表达分析。Phantasus基于睡眠——热图可视化和分析基于网络的软件,集成了一个R环境通过OpenCPU API。除了基本的可视化和过滤方法,R-based k - means聚类等方法,主成分分析或微分表达式分析limma包支持。

作者:Daria Zenkova (aut),弗拉季斯拉夫•Kamenev (aut)丽塔Sablina[所有],马克西姆Kleverov[所有],马克西姆Artyomov (aut),阿列克谢Sergushichev (aut (cre)

维护人员:Alexey Sergushichev < alsergbox gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“phantasus”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“phantasus”)

HTML	R脚本	使用phantasus应用程序
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,GUI,GeneExpression,ImmunoOncology,微阵列,归一化,PrincipalComponent,RNASeq,软件,转录组,可视化
版本	1.18.4
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5)
进口	ggplot2 protolite,Biobase,GEOquery、车、htmltools httpuv jsonlite,limma,为了opencpu方法、httrrhdf5stringr跑龙套,平行,fgsea(> = 1.9.4)、svglite gtable,数据矩阵,pheatmap,尺度,ccaPP,网格,grDevices,AnnotationDbi,DESeq2、数据。表,旋度
链接
建议	testthat,BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://genome.ifmo.ru/phantasushttps://artyomovlab.wustl.edu/phantasus
BugReports	https://github.com/ctlab/phantasus/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	phantasus_1.18.4.tar.gz
Windows二进制	phantasus_1.18.4.zip
macOS二进制(x86_64)	phantasus_1.18.4.tgz
macOS二进制(arm64)	phantasus_1.18.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phantasus
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ phantasus
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/phantasus/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/phantasus/
包下载报告	下载数据