proteasy

DOI:10.18129 / B9.bioc.proteasy

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅proteasy。

蛋白酶映射

Bioconductor版本:3.16

检索实验推导出蛋白酶和乳沟的数据来源于MEROPS数据库。Proteasy包含映射的功能肽末端已知地点蛋白酶裂解。这个包也可以快速查找已知的基板基于列表(潜在)蛋白酶,反之亦然——查找蛋白酶基于基质的列表。

作者:马丁Ryden (aut (cre)

维护人员:马丁Ryden <马丁。在med.lu.se ryden >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“proteasy”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“proteasy”)

HTML	R脚本	使用proteasy检索和分析蛋白酶数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,FunctionalGenomics,蛋白质组学,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	数据。表、stringrensembldb,AnnotationFilter,EnsDb.Hsapiens.v86,EnsDb.Mmusculus.v79,EnsDb.Rnorvegicus.v79,Rcpi、方法、跑龙套
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr igraph,ComplexHeatmap、viridis
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/martinry/proteasy
BugReports	https://github.com/martinry/proteasy/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	proteasy_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	proteasy_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	proteasy_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64)	proteasy_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proteasy
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ proteasy
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/proteasy/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/proteasy/
包下载报告	下载数据