blima

DOI:10.18129 / B9.bioc.blima

用于检测器(头)级Illumina微阵列的预处理和分析工具

Bioconductor版本:Release (3.16)

bla包包含了几种预处理Illumina微阵列数据的算法。它着重于头级分析，为不等长度向量的分位数归一化提供了一种新的方法。它提供了多种背景校正方法，包括背景减法、RMA(如卷积)和背景异常值去除。它还实现了头级的方差稳定变换。此外，还实现了数据汇总的方法。它还提供了在检测器(头)水平和探针水平上执行t检验的方法，用于差异表达测试。

作者:vojtrek ch Kulvait

维护者:vojtrek Kulvait < Kulvait at gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" bla ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“blima”)

PDF	R脚本	blima.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneRegulation，微阵列，归一化，预处理，软件
版本	1.32.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3)
进口	beadarray(> = 2.0.0),Biobase(> = 2.0.0),Rcpp(> = 0.12.8),BiocGenerics， grDevices, stats, graphics
链接	Rcpp
建议	xtable，blimaTestingData，BiocStyle，illuminaHumanv4.db，光民，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://bitbucket.org/kulvait/blima
这取决于我
进口我
建议我	blimaTestingData
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	blima_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	blima_1.32.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	blima_1.32.0.tgz
macOS二进制(arm64)	blima_1.32.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/blima
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ bla
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/blima/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/blima/
软件包下载报告	下载数据