csaw

DOI:10.18129 / B9.bioc.csaw

ChIP-Seq分析

Bioconductor版本:Release (3.16)

用滑动窗口检测ChIP-seq数据中的差分绑定区域，采用归一化方法和适当的FDR控制。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Gordon smith [aut]

维护者:Aaron Lun

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("csaw")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“csaw”)

超文本标记语言	R脚本	介绍
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文本		新闻

细节

biocViews	注释，ChIPSeq，报道，DifferentialPeakCalling，遗传学，MultipleComparison，归一化，测序，软件
版本	1.32.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，SummarizedExperiment
进口	Rcpp，矩阵，BiocGenerics，Rsamtools，刨边机，limma、方法、S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel，metapod,跑龙套
链接	Rhtslib，zlibbioc，Rcpp
建议	AnnotationDbi，org.Mm.eg.db，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，testthat，GenomicFeatures，GenomicAlignments，knitr，BiocStyle，rmarkdown，BiocManager
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL
这取决于我	csawBook
进口我	diffHic，epigraHMM，extraChIPs，icetea，NADfinder，火神
建议我	chipseqDB，GRaNIE
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	csaw_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	csaw_1.32.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	csaw_1.32.0.tgz
macOS二进制(arm64)	csaw_1.32.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/csaw
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/csaw/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/csaw/
软件包下载报告	下载数据