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Bioconductor ExperimentData包
Bioconductor版本:开发(3.16)
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| adductData | 乔西海耶斯 | 来自血清白蛋白Cys34修饰的非靶向质谱数据 |
| affycompData | 哈里斯贾菲 | affycomp数据 |
| affydata | 哈里斯贾菲 | 用于演示的Affymetrix数据 |
| Affyhgu133A2Expr | 志诚记 | Affymetrix人类基因组U133A 2.0阵列(GPL571)表达数据包 |
| Affyhgu133aExpr | 志诚记 | Affymetrix Human hgu133a阵列(GPL96)表达数据包 |
| Affyhgu133Plus2Expr | 志诚记 | Affyhgu133Plus2Expr (GPL570)表达式数据包 |
| AffymetrixDataTestFiles | 亨利克·本特松 | Affymetrix数据文件(CEL, CDF, CHP, EXP, PGF, PSI)用于测试 |
| Affymoe4302Expr | 志诚记 | Affymetrix小鼠基因组430 2.0阵列(GPL1261)表达数据包 |
| 气道 | 迈克尔的爱 | RNA-Seq在气道平滑肌细胞中的实验总结，由Himes等人，PLoS One 2014 |
| 所有 | 罗伯特先生 | 一个数据包 |
| ALLMLL | b . m . Bolstad | 来自一项大型急性淋巴细胞白血病(ALL)研究的数组子集 |
| alpineData | 迈克尔的爱 | 高山包小插图的数据 |
| AmpAffyExample | 拉斐尔·a·伊 | 放大数据的例子 |
| AneuFinderData | 亚伦Taudt | 用于演示的WGSCS数据 |
| antiProfilesData | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 正常结肠癌和癌症对affy数据进行预处理，用于构建抗profile。 |
| aracne.networks | 费德里科·m·乔吉，马里亚诺·阿尔瓦雷斯 | 来自TCGA肿瘤数据集的aracne推断基因网络 |
| ARRmData | 让-菲利普•福丁 | Illumina 450k甲基化数据归一化示例数据集 |
| AshkenazimSonChr21 | 向谁投诉 | 21号染色体上的注释变体，人类基因组19号，德系犹太人三重奏子样本 |
| ASICSdata | 流行Lefort | ASICS包的1D NMR光谱数据示例 |
| AssessORFData | Deepank Korandla | 用于评估orf包的数据和文件 |
| bcellViper | 马里亚诺·哈维尔·阿尔瓦雷斯 | 人b细胞转录相互作用组和正常人b细胞表达数据 |
| beadarrayExampleData | 马克·邓宁 | beadarray包的示例数据 |
| BeadArrayUseCases | 迈克•史密斯 | 利用Bioconductor分析Illumina BeadArray表达数据 |
| BeadSorted.Saliva.EPIC | Jonah Fisher | Illumina EPIC关于被吸附成人唾液细胞的数据 |
| benchmarkfdrData2019 | 斯蒂芬妮·希克斯 | Korthauer和Kimes等人(2019)的数据和基准测试结果 |
| beta7 | 让杨 | Rodriguez et al.(2004)记忆/效应T辅助细胞承载肠归位受体整合素alpha4 beta7的差异基因表达。 |
| BioImageDbs | Satoshi Kume | 用于机器学习和深度学习的生物和生物医学成像数据集(用于ExperimentHub) |
| biotmleData | 尼玛赫亚兹 | “biotmle”R包的示例实验微阵列数据集 |
| biscuiteerData | “雅各莫里森” | 饼干数据包 |
| bladderbatch | 杰弗里·t .韭菜 | 膀胱基因表达数据说明批量效应 |
| blimaTestingData | Vojtech Kulvait | 包装bla的测试数据。 |
| BloodCancerMultiOmics2017 | 马格达雷娜ole | Dietrich S, Oles M, Lu J等的“基于药物扰动的血癌分层”实验数据和完整分析 |
| bodymapRat | 斯蒂芬妮·希克斯 | 来自大鼠身体图谱项目的实验数据集 |
| breakpointRdata | 大卫Porubsky | 用于演示目的的串seq数据 |
| breastCancerMAINZ | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩斯 | Schmidt等人[2008]发表的基因表达数据集(MAINZ)。 |
| breastCancerNKI | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩斯 | Genexpression数据集由van't Veer等人[2002]和van de Vijver等人[2002](NKI)发表。 |
| breastCancerTRANSBIG | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩斯 | Desmedt等人[2007]发表的基因表达数据集(TRANSBIG)。 |
| breastCancerUNT | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩斯 | Sotiriou等[2007](UNT)发表的基因表达数据集。 |
| breastCancerUPP | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩斯 | 基因表达数据集由Miller等人[2005]发表(UPP)。 |
| breastCancerVDX | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩斯 | Wang等[2005]和Minn等[2007]发表的基因表达数据集(VDX)。 |
| brgedata | 悲哀Pelegri-Siso | 暴露，基因表达和甲基化数据为说明目的 |
| bronchialIL13 | 文斯凯里 | 涉及il13的时间过程实验 |
| bsseqData | Kasper丹尼尔·汉森 | bsseq包的全基因组亚硫酸氢盐数据示例 |
| cancerdata | 丹尼尔Kosztyla | 从高维分子数据开发和验证诊断测试:数据集 |
| CardinalWorkflows | 凯莉Bemis a . | Cardinal质谱成像包的数据集和工作流程 |
| ccdata | 亚历克斯·皮克林 | 组合连通性映射(ccmap)包数据 |
| 亚兰 | 奥黛丽考夫曼 | 四氯化碳(CCl4)处理的肝细胞 |
| ccTutorial | Joern Toedling | 芯片-芯片教程的数据包 |
| celarefData | 莎拉·威廉姆斯 | 参考处理scRNA数据用于celaref Vignette细胞标记 |
| celldex | 亚伦Lun | 单元格类型参考索引 |
| CellMapperData | 布拉德那里提取 | 预处理数据与CellMapper包一起使用 |
| ChAMPdata | 元田 | 数据包为ChAMP包 |
| ChIC.data | 卡门·玛丽亚Livi | 别致的包数据 |
| ChimpHumanBrainData | 肖恩·戴维斯 | 黑猩猩和人类大脑的数据包 |
| chipenrich.data | 雷蒙德·g·Cavalcante | 到chipenrich的配套套餐 |
| ChIPexoQualExample | 雷内·韦尔奇 | ChIPexoQual包的示例数据，它实现了ChIP-exo数据的质量控制管道 |
| chipseqDBData | 亚伦Lun | chipseqDB工作流的数据 |
| ChIPXpressData | 乔治·吴 | ChIPXpress预构建数据库 |
| chromstaRData | 亚伦Taudt | 用于演示目的的芯片seq数据 |
| 慢性淋巴细胞白血病 | 罗伯特先生 | CLL基因表达数据包 |
| CLLmethylation | Malgorzata Oles, Andreas Mock | PACE项目中初级CLL样品的甲基化数据 |
| CluMSIDdata | 托拜厄斯Depke | clusid包的数据 |
| clustifyrdatahub | 瑞福 | ExperimentHub中clustifyr的外部数据集 |
| cMap2data | j . Saez-Rodriguez | 连通性图(版本2)数据 |
| cnvGSAdata | 约瑟夫·卢戈 | cnvGSA包的小插图中使用的数据 |
| COHCAPanno | 查尔斯·沃登 | 希望之城CpG岛分析管道注释 |
| colonCA | W西尔维娅默克 | exprSet为Alon等人(1999)结肠癌数据 |
| CONFESSdata | 戴安娜低 | CONFESS包的示例数据集 |
| ConnectivityMap | 保罗·香农 | 通过常见基因表达变化揭示的药物、基因和疾病之间的功能联系 |
| COPDSexualDimorphism.data | J c大调Sathirapongsasuti | 支持性别二态性和慢性阻塞性肺病基因表达和甲基化差异分析的数据。 |
| CopyhelpeR | 奥斯卡Krijgsman | CopywriteR的帮助文件 |
| CopyNeutralIMA | 泽维尔牧师Hostench | 复制中性Illumina甲基化阵列 |
| COSMIC.67 | 朱利安格林 | COSMIC.67 |
| CRCL18 | 克劳迪奥·Isella | CRC细胞系数据集 |
| crisprScoreData | 让-菲利普•福丁 | crisprScore包的预训练模型 |
| curatedAdipoArray | 马哈茂德•艾哈迈德 | mdi诱导的分化脂肪细胞(3T3-L1)在遗传和药理干扰下的策划微阵列数据集 |
| curatedAdipoChIP | 马哈茂德•艾哈迈德 | mdi诱导分化脂肪细胞(3T3-L1)的ChIP-Seq数据集 |
| curatedAdipoRNA | 马哈茂德•艾哈迈德 | mdi诱导分化脂肪细胞(3T3-L1)的策划RNA-Seq数据集 |
| curatedBladderData | 马库斯·里斯特 | 膀胱癌基因表达分析 |
| curatedBreastData | 凯蒂Planey | 策划乳腺癌基因表达数据与生存和治疗信息 |
| curatedCRCData | Princy Parsana | 结直肠癌基因表达分析 |
| curatedMetagenomicData | 卢卡斯希弗 | 人类微生物组的策划宏基因组数据 |
| curatedOvarianData | 李维沃尔德伦 | 卵巢癌转录组的临床注释数据 |
| curatedTBData | Xutao王 | 现有49项结核病转录组学研究的整理 |
| curatedTCGAData | 马塞尔·拉莫斯 | 来自癌症基因组图谱(TCGA)的策划数据作为多分析实验对象 |
| DAPARdata | 撒母耳Wieczorek | DAPAR和Prostar软件包附带的数据 |
| davidTiling | 沃尔夫冈•休伯 | 数据和分析脚本为David, Huber等人酵母平铺阵列论文 |
| depmap | 劳伦特与 | 癌症依赖地图数据包 |
| derfinderData | 莱昂纳多Collado-Torres | 例如处理BrainSpan中的BigWigs |
| DeSousa2013 | 新王 | 预后不良的结肠癌由分子上不同的亚型和前体病变定义 |
| DExMAdata | 胡安·安东尼奥·Villatoro-Garcia | 数据包为DExMA包 |
| diffloopdata | 迦勒Lareau | diffloop包的示例cia - pet数据集 |
| diggitdata | 马里亚诺·哈维尔·阿尔瓦雷斯 | 数字包的示例数据 |
| DLBCL | 马库斯> | 弥漫性大b细胞淋巴瘤表达数据 |
| DmelSGI | 迈克•史密斯 | 论文《后生动物细胞定向遗传相互作用图》的实验数据和有文档记录的源代码 |
| DMRcatedata | Tim Peters | DMRcate的数据包 |
| DonaPLLP2013 | 约瑟夫·d·巴里 | Dona等人(2013)的补充数据包，包含示例图像和表格 |
| 多萝西娅 | 季米特洛夫丹尼尔 | 收集人类和老鼠的TF规则 |
| dressCheck | 文森特·凯里 | 用于检测Dressman JCO 25(5) 2007的数据和软件 |
| DropletTestFiles | 亚伦Lun | 单单元液滴实用程序的测试文件 |
| DrugVsDiseasedata | j . Saez-Rodriguez | 药物与疾病数据 |
| DuoClustering2018 | 安吉洛二人组 | 数据、聚类结果和可视化功能来自Duò等人(2018) |
| DvDdata | j . Saez-Rodriguez | 药物与疾病数据 |
| dyebiasexamples | 菲利普Lijnzaad | 染料偏倚包的示例数据，它实现了GASSCO方法。 |
| easierData | 奥斯卡Lapuente-Santana | IMvigor210CoreBiologies包中的更简单的内部数据和示例数据集 |
| EatonEtAlChIPseq | 帕特里克Aboyoun | 酵母orc结合位点的ChIP-seq数据摘自Eaton等人，2010年 |
| ecoliLeucine | Laurent Gautier | 实验数据与Affymetrix大肠杆菌芯片 |
| EGSEAdata | 妈Alhamdoosh | EGSEA包的基因集集合 |
| ELMER.data | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 | ELMER包的数据 |
| emtdata | Malvika d Kharbanda | 一个用于上皮到间充质转化(EMT)数据集的ExperimentHub包 |
| epimutacionsData | Leire Abarrategui | 外显数据包 |
| 雌激素 | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据集，可用于2x2析因设计的例子 |
| etec16s | 约瑟夫·n·保尔森 | 人肠道菌群在与产肠毒素大肠埃希菌挑战后的个体特异性变化和随后的环丙沙星治疗 |
| ewceData | 艾伦•墨菲 | ewceData包提供了ewce所需的参考数据 |
| faahKO | 史蒂芬诺依曼 | Saghatelian等(2004)FAAH敲除LC/MS数据 |
| fabiaData | 然而Hochreiter | FABIA(二聚体采集因子分析)的数据集 |
| FANTOM3and4CAGE | Vanja Haberle | FANTOM3和FANTOM4项目的CAGE数据 |
| ffpeExampleData | 李维沃尔德伦 | Illumina DASL示例微阵列数据 |
| fibroEset | 西尔维娅默克 | exprSet为Karaman等人(2003)的成纤维细胞数据 |
| FieldEffectCrc | 克里斯托弗·丹皮尔 | 以肿瘤、肿瘤邻近的正常和健康结直肠转录组为实验对象 |
| 金融中间人 | Herbert Braselmann, Martin Selmansberger | splineTimeR包的人机功能交互 |
| 裂变 | 迈克尔的爱 | 裂变酵母对应激反应的时间过程RNA-Seq实验，由Leong等人，Nat comm2014。 |
| Fletcher2013a | 毛罗·卡斯特罗 | FGFR2信号干扰下乳腺癌细胞的基因表达数据 |
| Fletcher2013b | 毛罗·卡斯特罗 | 掌握FGFR2信号通路和乳腺癌风险的调控因子 |
| flowPloidyData | 泰勒史密斯 | 流式细胞术数据 |
| FlowSorted.Blood.450k | 安德鲁·E Jaffe | Illumina人类甲基化数据的分类血细胞群 |
| FlowSorted.Blood.EPIC | 卢卡斯·a·萨拉斯 | Illumina EPIC的免疫磁分选成人外周血细胞数据 |
| FlowSorted.CordBlood.450k | 山诉安德鲁斯 | Illumina公司的45万脐带血细胞分类数据 |
| FlowSorted.CordBloodCombined.450k | 卢卡斯·a·萨拉斯 | Illumina 450k/EPIC关于FACS和MACS脐血细胞的数据 |
| FlowSorted.CordBloodNorway.450k | 克里斯蒂娜gervin | Illumina人类甲基化数据的分类脐带血细胞群 |
| FlowSorted.DLPFC.450k | 安德鲁·E Jaffe | Illumina人类甲基化数据的排序额叶皮层细胞群 |
| flowWorkspaceData | 迈克江 | 一个数据包，包含两个flowJo，一个diva xml工作区和相关的fcs文件，以及三个gatingset，用于测试flowWorkspace, openCyto和巨细胞包。 |
| frmaExampleData | 马修·n·考尔 | Frma示例数据 |
| furrowSeg | 约瑟夫·巴里 | 沟分割 |
| gageData | Weijun罗 | 计量器具包装的辅助数据 |
| gaschYHS | 文斯凯里 | 酵母对热休克和其他环境应激反应的表达式集 |
| gatingMLData | j . Spidlen | 用于gate - ml测试套件的数据和XML文件 |
| gcspikelite | 马克。罗宾逊 | 在flagme内的GC/MS数据和方法的插入数据 |
| geneLenDataBase | 马修·杨，纳迪亚·戴维森 | 一些基因组的mRNA转录本的长度 |
| genomationData | Vedran因特网 | 显示基因组包功能的实验数据 |
| GenomicDistributionsData | Kristyna Kupkova | 基因组分布包的参考数据 |
| GeuvadisTranscriptExpr | 马格达雷娜Nowicka | 来自GEUVADIS项目的转录本表达和双等位基因型数据包 |
| GIGSEAdata | 家朱 | 基因集集合为GIGSEA包 |
| golubEsets | 文斯凯里 | golub白血病数据的exprSets |
| gpaExample | 东峻涌 | GPA包的示例数据(包含多效性和注释的遗传分析) |
| grndata | 加索尔Bellot | 基因调控网络推理的合成表达数据 |
| GSBenchMark | Bahman艾弗里 | 基因设置基准 |
| GSE103322 | 马里亚诺·阿尔瓦雷斯 | GEO接入数据GSE103322作为singlecel实验 |
| GSE13015 | Darawan Rinchai | GEO接入数据GSE13015_GPL6106作为摘要实验 |
| GSE159526 | 维克多元 | GEO加入GSE159526的胎盘细胞DNA甲基化数据 |
| GSE62944 | Bioconductor包维护者 | GEO加入数据GSE62944作为摘要实验 |
| GSVAdata | 罗伯特Castelo | 在gsa包的小插图中使用的数据 |
| GWASdata | 斯蒂芬妮·高加滕，埃德里安娜·斯蒂尔普 | GWASTools包的示例和小插图中使用的数据 |
| h5vcData | 保罗·西奥多·所有 | h5vc包的示例数据 |
| hapmap100khind | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap 100K HIND Affymetrix |
| hapmap100kxba | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap 100K XBA Affymetrix |
| hapmap500knsp | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap 500K NSP Affymetrix |
| hapmap500ksty | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap 500K STY Affymetrix |
| hapmapsnp5 | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap SNP 5.0 Affymetrix |
| hapmapsnp6 | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap SNP 6.0 Affymetrix |
| harbChIP | VJ凯里 | 实验数据包:harbChIP |
| HarmanData | 杰森·罗斯 | 哈曼包数据 |
| HarmonizedTCGAData | 马天乐 | 处理五种选定癌症类型的协调TCGA数据 |
| HCAData | 费德里科•马里尼 | 在R/Bioconductor中访问人类细胞图谱数据集 |
| HD2013SGI | 迈克•史密斯 | 利用RNAi和多参数表型分析人类癌细胞的基因相互作用 |
| HDCytoData | 卢卡斯·m·韦伯 | 以Bioconductor对象格式收集的高维细胞术基准数据集 |
| healthyControlsPresenceChecker | 大卫。Chicco | 从GEO下载一个基因表达数据集，并检查它是否包含健康对照的数据 |
| healthyFlowData | Ariful Azad | flowMatch包使用的健康数据集 |
| HEEBOdata | 艾格尼丝Paquet | HEEBO设置和HEEBO控件。 |
| HelloRangesData | 迈克尔•劳伦斯 | hellorange教程小插图的数据 |
| hgu133abarcodevecs | 马修·n·考尔 | 用于条码的Hgu133a数据 |
| hgu133plus2barcodevecs | 马修·n·考尔 | 用于条码的Hgu133plus2数据 |
| hgu133plus2CellScore | 南希Mah | 标准细胞类型表达数据集[hgu133plus2] |
| hgu2beta7 | Bioconductor包维护者 | 包含hgu2beta7注释数据的数据包 |
| HiCDataHumanIMR90 | 尼古拉斯的仆人 | 人类IMR90成纤维细胞HiC数据来自Dixon等人，2012 |
| HiCDataLymphoblast | Borbala Mifsud | 人类淋巴母细胞样HiC数据来自Lieberman-Aiden等人，2009年 |
| HighlyReplicatedRNASeq | 江诗丹顿Ahlmann-Eltze | 大量复制的RNA-Seq实验的收集 |
| Hiiragi2013 | Andrzej ole | 细胞与细胞之间的表达变异性伴随着信号增强逐步分离早期小鼠谱系 |
| HIVcDNAvantWout03 | 克里斯Fraley | T细胞系感染HIV-1 LAI (BRU) |
| HMP16SData | 卢卡斯希弗 | 来自人类微生物组项目的16S rRNA测序数据 |
| HMP2Data | 约翰·斯坦斯菲尔德，叶卡捷琳娜·斯米尔诺娃 | 来自人类微生物组项目2的16s rRNA测序数据 |
| HSMMSingleCell | 科尔杰尔 | 单细胞RNA-Seq在人骨骼肌成肌细胞分化中的应用 |
| HumanAffyData | 布拉德那里提取 | GEO加入GSE64985和ArrayExpress加入E-MTAB-62作为表达式集对象 |
| humanStemCell | r .绅士 | 人类干细胞时间过程实验 |
| IHWpaper | Nikos Ignatiadis | 在IHW论文中复制数据 |
| Illumina450ProbeVariants.db | 蒂芙尼莫里斯 | 注释包结合了Illumina HumanMethylation450珠芯片探针1000基因组项目的不同数据 |
| IlluminaDataTestFiles | Kasper丹尼尔·汉森 | Illumina微阵列文件(IDAT)用于测试 |
| imcdatasets | 尼古拉斯Damond | 公开可用的成像细胞术(IMC)数据集的集合 |
| ITALICSData | Guillem Rigaill | ITALICSData |
| Iyer517 | 文斯凯里 | 表达式为Iyer, Eisen等1999年的科学论文 |
| JASPAR2014 | 通用电气谭 | 用于JASPAR的数据包 |
| JASPAR2016 | 通用电气谭 | JASPAR 2016的数据包 |
| KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO | Gaurav巴蒂 | 来自GEO的疾病数据集 |
| KEGGdzPathwaysGEO | Gaurav巴蒂 | KEGG疾病数据集来自GEO |
| kidpack | 沃尔夫冈•休伯 | DKFZ肾脏包 |
| KOdata | Shana白 | LINCS淘汰赛数据包 |
| leeBamViews | VJ凯里 | leeBamViews—多个酵母RNAseq样本摘录自Lee 2009年 |
| leukemiasEset | 莎拉Aibar | 白血病微阵列基因表达数据(expressionSet)。 |
| LiebermanAidenHiC2009 | 菲利克斯•克莱因 | 数据选自E. Lieberman-Aiden等人在Science(2009)上发表的HiC论文 |
| ListerEtAlBSseq | 卡马尔•基 | H1和IMR90细胞系的BS-seq数据摘自Lister et al. 2009 |
| LRcellTypeMarkers | 文晶马 | 标记基因信息为LRcell R Bioconductor包 |
| lumiBarnes | 杜潘 | Barnes Benchmark Illumina组织滴定数据 |
| LungCancerACvsSCCGEO | Adi Laurentiu Tarca | 一个肺癌数据集，可以与maPredictDSC包一起使用，从Affymetrix CEL文件开发结果预测模型。 |
| LungCancerLines | 科里巴尔 | 来自两个肺癌细胞系 |
| lungExpression | 罗伯特Scharpf | 表达集的Parmigiani等，2004临床癌症研究论文 |
| lydata | 亚历克斯·皮克林 | 跨元包的示例数据集 |
| M3DExampleData | 塔卢拉安德鲁斯 | M3Drop示例数据 |
| 巨噬细胞 | 迈克尔的爱 | 人巨噬细胞免疫反应 |
| MACSdata | 羌胡 | 测试MACSr包的数据集 |
| mammaPrintData | 路易吉马尔基奥尼 | 来自Glas和Buyse乳腺癌研究的rglist |
| mAPKLData | 萨凯拉里欧Argiris | 基因表达数据用于包mAPKL的检测。 |
| maqcExpression4plex | Benilton卡瓦略 | 样本表达数据- MAQC / HG18 - NimbleGen |
| MAQCsubset | VJ凯里 | 实验数据包:maqc子集 |
| MAQCsubsetILM | 劳伦特与 | Illumina平台的MAQC数据子集 |
| mCSEAdata | 乔迪Martorell马鲁根 | mCSEA数据包 |
| mcsurvdata | 阿德里亚Caballe城区 | Meta队列生存数据 |
| MEDIPSData | 卢卡斯查韦斯 | MEDIPS和QSEA包的示例数据 |
| MEEBOdata | 艾格尼丝Paquet | MEEBO设置和MEEBO控件。 |
| MetaGxBreast | 本杰明Haibe-Kains | 乳腺癌转录组数据集 |
| MetaGxOvarian | 本杰明Haibe-Kains | 卵巢癌转录组数据集 |
| MetaGxPancreas | 本杰明Haibe-Kains | 转录组胰腺癌数据集 |
| metaMSdata | Yann Guitton | metaMS包的CDF数据 |
| MethylAidData | m . van Iterson | methylaid汇总了2800个Illumina 450k阵列样本和2620个EPIC阵列样本的数据 |
| methylclockData | 悲哀Pelegri-Siso | 甲基时钟包的数据 |
| MethylSeqData | 彼得希 | 公共DNA甲基化测序数据集的收集 |
| microbiomeDataSets | 狮子座拉赫蒂 | 基于实验中心的微生物组数据集 |
| microRNAome | 马修·n·考尔 | 为microRNAome项目总结的实验 |
| MIGSAdata | 胡安·c·罗德里格斯 | MIGSA装饰图案数据 |
| minfiData | Kasper丹尼尔·汉森 | Illumina甲基化450k阵列的示例数据 |
| minfiDataEPIC | Kasper丹尼尔·汉森 | Illumina甲基化EPIC阵列的示例数据 |
| minionSummaryData | 迈克•史密斯 | 总结了Ashton等人2015年发表的MinION测序数据 |
| miRcompData | 马修·n·考尔 | miRcomp包中的数据 |
| miRNATarget | Y-h。田口方法 | MiRaGE包装用人/小鼠miRNA基因靶表 |
| MMAPPR2data | 乔纳森山 | MMAPPR2的样本数据 |
| MMDiffBamSubset | Gabriele Schweikert | MMDiff包的ChIP-Seq数据 |
| MOFAdata | 布丽塔一起创造Velten | 多组学因子分析(MOFA)数据包 |
| mosaicsExample | 东峻涌 | mosaics包的示例数据，它实现了mosaics和mosaics - hmm，一个统计框架，用于分析单样本或双样本ChIP-seq数据，用于转录因子绑定和组蛋白修饰 |
| mouse4302barcodevecs | 马修·n·考尔 | 用于条码的Mouse4302数据 |
| MouseGastrulationData | 乔纳森·格里菲思 | 小鼠胃泌和早期器官发生的单细胞组学数据 |
| MouseThymusAgeing | 迈克•摩根 | 衰老小鼠胸腺的单细胞转录组学数据 |
| msd16s | 约瑟夫·n·保尔森 | 健康及中重度腹泻16S表达数据 |
| msdata | 斯特芬·诺伊曼，劳伦特·盖托 | 各种质谱原始数据示例文件 |
| msigdb | Dharmesh d Bhuva | 分子特征库(MSigDB)的实验软件包 |
| MSMB | 沃尔夫冈•休伯 | 《生物学现代统计学》一书的数据集 |
| msPurityData | 托马斯·n·劳森 | 碎片谱库和数据测试mspsecurity包 |
| msqc1 | 基督教Panse | Sigma混合MSQC1数据 |
| mtbls2 | 史蒂芬诺依曼 | MTBLS2:硝酸银处理的拟南芥野生型和cyp79B2 cyp79B3双敲除植物叶片的LC/ ms比较分析。Böttcher等(2004) |
| MUGAExampleData | 丹尼尔•加蒂 | {M}ouse {U} universal {G} otyping {A} ray数据用于基因组重建和定量性状位点定位。 |
| muscData | 海伦娜·l·克罗威尔 | 多样本多组scRNA-seq数据 |
| mvoutData | VJ凯里 | Affy和illumina用于评估离群点检测器性能的原始数据 |
| NanoporeRNASeq | 陈应 | 纳米孔RNA-Seq样例数据 |
| 纳米管 | 马尔特Thodberg | 小鼠纳米管CAGE数据 |
| NCIgraphData | 洛朗•雅各布 | NCIgraph软件包数据 |
| NestLink | Lennart Opitz | NestLink提供了一个R数据包，用于深入分析结合蛋白集合的工程肽条形码 |
| Neve2006 | VJ凯里 | 乳腺癌细胞系的表达和CGH数据 |
| NGScopyData | 小贝赵 | NGScopy包的人类肿瘤BAM文件子集和集合的正常测序数据(Zhao et al. 2014) |
| nullrangesData | 迈克尔的爱 | 用于nullranges包的ExperimentHub数据集 |
| NxtIRFdata | Alex Chit Hei Wong | 数据NxtIRF |
| ObMiTi | 奥马尔Elashkar | 正常和高脂肪饮食的Ob/ Ob小鼠数据 |
| oct4 | 迈克尔的爱 | OCT4在小鼠ESCs中的条件敲除 |
| OMICsPCAdata | Subhadeep Das | OMICsPCA包的支持数据 |
| OnassisJavaLibs | 尤金尼亚Galeota | OnassisJavaLibs, java库运行的conceptmapper和语义相似 |
| optimalFlowData | 斯托伊Inouzhe | optimalFlowData |
| parathyroidSE | 迈克尔的爱 | Haglund等人对甲状旁腺肿瘤原代培养物RNA-Seq的实验总结，临床内分泌杂志，2012。 |
| pasilla | 亚历杭德罗雷耶斯 | 布鲁克斯等人，基因组研究2011年，Pasilla敲除RNA-seq样本的每个外显子和每个基因读取计数数据包。 |
| pasillaBamSubset | Herve页面 | 来自“Pasilla”实验的BAM文件的子集 |
| PasillaTranscriptExpr | 马格达雷娜Nowicka | 用kallisto从Brooks等人的pasilla敲除RNA-Seq数据中获得转录表达的数据包。 |
| PathNetData | 路德维希Geistlinger | PathNet包的实验数据 |
| PCHiCdata | 米哈伊尔·Spivakov | 捕获Hi-C数据 |
| pcxnData | Sokratis Kariotis | 预先定义的通路/基因集之间的相关系数和p值 |
| pd.atdschip.tiling | 克里斯托夫单词De Beuf | Affymetrix Atdschip_tiling平台设计信息 |
| pepDat | 升Sauteraud | 肽芯片数据包 |
| PepsNMRData | 侬·马丁 | PepsNMR包的数据集 |
| PhyloProfileData | Vinh Tran | 使用PhyloProfile工具进行系统发育剖面分析的数据包 |
| plasFIA | 亚历克西斯Delabriere | FIA-HRMS等离子体数据集 |
| plotgardenerData | 妮可·克莱默 | plotgardener包的数据集和测试数据文件 |
| prebsdata | Karolis Uziela | 'prebs'包的数据 |
| preciseTADhub | 米哈伊尔·Dozmorov | 使用preciseTAD获得的预训练随机森林模型 |
| PREDAsampledata | 弗朗西斯科·法拉利 | 透明细胞肾癌样本的表达和拷贝数数据 |
| ProData | 小春就李 | 乳腺癌样本SELDI-TOF数据 |
| pRolocdata | 劳伦特与 | pRoloc包自带数据 |
| prostateCancerCamcap | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| prostateCancerGrasso | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| prostateCancerStockholm | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| prostateCancerTaylor | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| prostateCancerVarambally | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| ptairData | 卡米尔Roquencourt | PTR-TOF-MS挥发组学原始数据集来自呼出的空气和细胞培养顶空 |
| PtH2O2lipids | 詹姆斯•柯林斯 | 三角角藻HPLC-ESI-MS脂质数据来自van Creveld等(2015) |
| pumadata | Xuejun刘 | 与puma包一起使用的各种数据集 |
| PWMEnrich.Dmelanogaster.background | 迭戈Diez | D. melanogaster背景为PWMEnrich |
| PWMEnrich.Hsapiens.background | 迭戈Diez | 智人背景的PWMEnrich |
| PWMEnrich.Mmusculus.background | 迭戈Diez | M.肌肉背景为PWMEnrich |
| pwrEWAS.data | Stefan Graw | pwrEWAS.data：Reference data accompanying pwrEWAS |
| QDNAseq.hg19 | 达乌德您 | QDNAseq bin注释hg19 |
| QDNAseq.mm10 | 达乌德您 | 本注释mm10 |
| qPLEXdata | 卡马尔•开发人员 | qPLEXanalyzer软件包附带的数据 |
| QUBICdata | 余张 | 在QUBIC包的小插图中使用的数据 |
| rcellminerData | 奥古斯丁·卢娜，维诺德·拉贾帕克萨，法特希·埃洛米 | rcellminerData: NCI-60细胞系的分子图谱和药物反应 |
| RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp | 莎拉Aibar | RcisTarget人类基序数据库(hg19) - 4.6k基序子集 |
| ReactomeGSA.data | 约翰内斯偶联 | ReactomeGSA包的配套数据包 |
| RegParallel | 凯文Blighe | R中的标准回归函数支持对大数据帧进行并行处理 |
| restfulSEData | Bioconductor包维护者 | restfulSE R包的元数据示例 |
| RforProteomics | 劳伦特与 | “使用R和Bioconductor进行蛋白质组学数据分析”出版物的配套包 |
| RGMQLlib | 西蒙·帕洛 | RGMQLlib，运行GMQL scala API的java库 |
| rheumaticConditionWOLLBOLD | 亚历杭德罗Quiroz-Zarate | Wollbold等人[2009]发表的归一化基因表达数据集(Wollbold)。 |
| RITANdata | 迈克尔·齐默尔曼 | 这个包包含注释和网络数据集 |
| RLHub | 亨利米勒 | 一个用于访问处理过的RLSuite数据集的ExperimentHub包 |
| RMassBankData | 迈克尔·斯特拉斯，艾玛·谢曼斯基 | RMassBank的测试数据集 |
| RNAinteractMAPK | 迈克•史密斯 | 通过RNAi合成遗传相互作用分析的信号网络映射 |
| RNAmodR。数据 | Felix通用恩斯特 | RNAmodR包的示例数据 |
| RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 | Herve页面 | 来自RNAseq实验的对齐阅读:通过高通量测序HNRNPC敲除和对照HeLa细胞的转录分析 |
| RNASeqRData | Kuan-Hao曹国伟 | RNASeqRData: RNASeqR软件包演示示例数据 |
| RnaSeqSampleSizeData | 石林赵 | RnaSeqSampleSizeData |
| RnBeads.hg19 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.hg19 |
| RnBeads.hg38 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.hg38 |
| RnBeads.mm10 | RnBeads团队 | RnBeads.mm10 |
| RnBeads.mm9 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.mm9 |
| RnBeads.rn5 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.rn5 |
| RRBSdata | 卡佳Hebestreit | 一个包含12个样本和10,000个模拟dmr的RRBS数据集 |
| rRDPData | 迈克尔Hahsler | 默认RDP分类器的数据库 |
| RTCGA.clinical | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的临床数据集 |
| RTCGA。CNV | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的CNV(拷贝数变异)数据集 |
| RTCGA.methylation | Marcin辛斯 | 甲基化数据集来自癌症基因组图谱计划 |
| RTCGA.miRNASeq | Marcin辛斯 | miRNASeq数据集来自癌症基因组图谱计划 |
| RTCGA.mRNA | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的mRNA数据集 |
| RTCGA.mutations | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的突变数据集 |
| RTCGA。PANCAN12 | Marcin辛斯 | PanCan 12来自基因组癌症浏览器 |
| RTCGA.rnaseq | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的Rna-seq数据集 |
| RTCGA。RPPA | Marcin辛斯 | RPPA数据集来自癌症基因组图谱计划 |
| RUVnormalizeData | 洛朗•雅各布 | RUVnormalize包的性别数据 |
| sampleClassifierData | 岩洞里埃尔领导的 | 与sampleClassifier包一起使用的预处理数据 |
| SBGNview.data | Weijun罗 | 支持SBGNview包的数据集 |
| scanMiRData | Fridolin总值 | miRNA亲和力模型的scanMiR包 |
| scATAC。资源管理器 | Arrian Gibson-Khademi | 单细胞ATAC测序数据集和相应元数据的集合 |
| SCATEData | Wenpin侯 | 单细胞ATAC-seq信号提取与增强数据 |
| SCLCBam | 奥斯卡Krijgsman | 小细胞肺肿瘤染色体4的序列数据 |
| scpdata | 克利斯朵夫Vanderaa | 单细胞蛋白质组学数据包 |
| scRNAseq | 亚伦Lun | 公共单细胞RNA-Seq数据集的收集 |
| scTHI.data | 米歇尔·切 | 该包包含小插图中使用的单单元数据示例和scTHI包的示例;来自胶质瘤公共数据集的数据包含肿瘤细胞和免疫细胞 |
| seq2pathway.data | Arjun Kinstlick | R包seq2pathway的数据集 |
| seqc | 杨辽和魏氏 | SEQC (MAQC-III)研究生成的RNA-seq数据 |
| seqCNA.annot | 大卫Mosen-Ansorena | seqCNA深度测序癌症数据拷贝数分析注释 |
| serumStimulation | Morten汉森 | serumStimulation是一个数据包，在pcaGoPromoter包中被示例使用 |
| sesameData | 扫读周 | 芝麻包配套数据 |
| seventyGeneData | 路易吉马尔基奥尼 | 来自van't Veer和van de Vijver乳腺癌研究的表达集 |
| shinyMethylData | 让-菲利普•福丁 | shinyMethyl输入数据的示例数据集 |
| signatureSearchData | 布伦丹Gongol | signatureSearch包的数据集 |
| SimBenchData | 曹曰 | SimBenchData: 35个单细胞RNA-seq数据的集合，涵盖了广泛的数据特征 |
| simpIntLists | Kircicegi Korkmaz | 该软件包以简单的格式包含各种生物的BioGRID交互 |
| Single.mTEC.Transcriptomes | 亚历杭德罗雷耶斯 | 小鼠mTEC细胞的单细胞转录组数据及分析 |
| SingleCellMultiModal | 马塞尔·拉莫斯 | 整合多模态单细胞实验数据集 |
| SingleMoleculeFootprintingData | 圭多Barzaghi | 数据支持单分子足迹pkg |
| SNAData | 丹尼斯Scholtens | 社交网络分析数据示例 |
| SNAGEEdata | 大卫Venet | SNAGEE数据 |
| SNPhoodData | 基督教阿诺德 | SNPhood包的附加和更复杂的示例数据 |
| SomatiCAData | Mengjie陈 | 一个用于SomatiCA包的癌症全基因组测序数据的例子 |
| SomaticCancerAlterations | 朱利安格林 | 体细胞癌改变 |
| spatialDmelxsim | 迈克尔的爱 | 果蝇杂交胚胎的空间等位基因表达计数 |
| spatialLIBD | 莱昂纳多Collado-Torres | spatialLIBD: R/Bioconductor包，用于可视化空间解析的转录组学数据 |
| SpikeIn | 拉斐尔·a·伊 | Affymetrix插入实验数据 |
| SpikeInSubset | 拉斐尔·a·伊 | Affymetrix的部分峰值实验数据 |
| spqnData | 易王 | spqn包的数据 |
| stemHypoxia | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | Prado-Lopez等(2010)在缺氧基因表达数据集下的人胚胎干细胞分化 |
| STexampleData | 卢卡斯·m·韦伯 | 以SpatialExperiment Bioconductor格式收集的空间解析转录组学数据集 |
| stjudem | Joern Toedling | 微阵列数据来自Yeoh等人的MACAT格式 |
| SVM2CRMdata | Guidantonio Malagoli Tagliazucchi | 与SVM2CRM包一起使用的示例数据集 |
| synapterdata | 劳伦特与 | 突触包附带的数据 |
| systemPipeRdata | 托马斯Girke | systemPipeRdata:工作流模板和示例数据 |
| TabulaMurisData | 夏洛特Soneson | 来自Tabula Muris Consortium的10x和SmartSeq2数据 |
| TabulaMurisSenisData | 夏洛特Soneson | Tabula Muris Senis项目的批量和单细胞rna序列数据 |
| TargetScoreData | 李越 | TargetScoreData |
| TargetSearchData | Alvaro Cuadros-Inostroza | TargetSearch Package的GC-MS数据示例 |
| 鞑靼 | 基督教Panse | 在赛默费雪科学质谱仪上记录的原始地面光谱 |
| TBX20BamSubset | d . Bindreither | 来自“TBX20”实验的BAM文件的子集 |
| TCGAbiolinksGUI.data | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 | TCGAbiolinksGUI包的数据 |
| TCGAcrcmiRNA | 克劳迪奥·Isella | TCGA CRC 450 miRNA数据集 |
| TCGAcrcmRNA | 克劳迪奥·Isella | TCGA CRC 450 mRNA数据集 |
| TCGAMethylation450k | 肖恩·戴维斯 | 癌症基因组图谱Illumina 450k甲基化示例数据 |
| TCGAWorkflowData | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 | TCGA工作流数据 |
| TENxBrainData | Bioconductor包维护者 | 数据来自10X 130万个脑细胞研究 |
| TENxBUSData | λ摩西 | 来自10x的单单元数据集，BUS格式 |
| TENxPBMCData | 斯蒂芬妮·希克斯 | 来自10X Genomics的PBMC数据 |
| TENxVisiumData | 海伦娜·l·克罗威尔 | 由10X Genomics提供的视觉空间基因表达数据 |
| timecoursedata | 内尔Varoquaux | 一个用于时间过程RNA-seq和微阵列基因表达数据集的数据包 |
| TimerQuant | 约瑟夫·巴里 | 定时定量 |
| tinesath1cdf | 齿Casneuf | tinesath1cdf |
| tinesath1probe | 齿Casneuf | tinesath1型微阵列的探针序列数据 |
| tissueTreg | 查尔斯Imbusch | 小鼠组织T调节细胞的TWGBS和RNA-seq数据 |
| TMExplorer | 埃里克·克里斯坦森 | 肿瘤微环境单细胞RNA测序数据集和相应元数据的集合 |
| tofsimsData | 洛伦兹格柏 | ToF-SIMS成像数据的导入、处理和分析 |
| topdownrdata | 塞巴斯蒂安·吉布 | topdownr R包的示例文件 |
| 肺结核 | 卢卡斯希弗 | 用于机器学习的结核病基因表达数据 |
| tweeDEseqCountData | 胡安·R·冈萨雷斯 | RNA-seq计数数据在tweeDEseq包的小插图中使用 |
| tximportData | 迈克尔的爱 | tximportData |
| VariantToolsData | 迈克尔•劳伦斯 | VariantTools教程的数据 |
| VectraPolarisData | “茱莉亚 | Vectra北极星和Vectra 3多路单细胞成像数据 |
| vulcandata | 费德里科•m . Giorgi | 虚拟芯片seq数据分析使用网络，虚拟数据集 |
| WES.1KG.WUGSC | 江刘宇超(音) | 华盛顿大学基因组测序中心(WUGSC)的1000基因组(1KG)计划中第22号染色体第401 - 500外显子的全外显子组测序(WES)。 |
| WGSmapp | 如金王 | ENCODE项目中全基因组测序的可映射性跟踪 |
| xcoredata | Maciej Migdał | xcore的数据包 |
| XhybCasneuf | Tineke Casneuf | EBI/PSB交叉杂交研究包 |
| yeastCC | Sandrine Dudoit | Spellman等(1998)和Pramila/Breeden(2006)酵母细胞周期微阵列数据 |
| yeastExpData | r .绅士 | 酵母实验数据 |
| yeastGSData | r .绅士 | 酵母金标准数据 |
| yeastNagalakshmi | Bioconductor包维护者 | 基于Nagalakshmi等的酵母基因组RNA测序数据。 |
| yeastRNASeq | j·布拉德 | 酵母RNA-Seq实验数据来自Lee等人。2008 |
| zebrafishRNASeq | 大卫。Risso | 斑马鱼RNA-Seq实验数据来自Ferreira et al. (2014) |
包»
Bioconductor的稳定,每半年发布:
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释放公告．
