limma

DOI:10.18129 / B9.bioc.limma

微阵列数据的线性模型

Bioconductor版本:Release (3.16)

数据分析，线性模型和微阵列数据的差分表达。

作者:戈登·史密斯[中文，中文]，胡一芳[中文]，马修·里奇[中文]，杰里米·西尔弗[中文]，詹姆斯·韦滕霍尔[中文]，戴维斯·麦卡锡[中文]，吴迪[中文]，石伟[中文]，贝琳达·菲普森[中文]，艾伦·伦[中文]，娜塔莉·索恩[中文]，Alicia Oshlack[中文]，卡罗琳·德·格拉夫[中文]，陈云顺[中文]，Mette Langaas[中文]，Egil Ferkingstad[中文]，马库斯·戴维[中文]，弗朗索瓦·佩平[中文]，蔡东硕[中文]

维护者:Gordon Smyth < Smyth at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("limma")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“limma”)

PDF		一页介绍
PDF		usersguide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BatchEffect，贝叶斯，BiomedicalInformatics，CellBiology，Cheminformatics，聚类，DataImport，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，表观遗传学，ExonArray，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，ImmunoOncology，代谢组学，MicroRNAArray，微阵列，MultipleComparison，归一化，OneChannel，预处理，ProprietaryPlatforms，蛋白质组学，质量控制，RNASeq，回归，测序，软件，SystemsBiology，TimeCourse，转录，转录组，TwoChannel，mRNAMicroarray
版本	3.54.0
在Bioconductor中	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	设备，图形，统计，utils，方法
链接
建议	affy，AnnotationDbi，BiasedUrn，Biobase，椭圆，GO.db，gplots，illuminaio，locfit，质量，org.Hs.eg.db样条函数,statmod(> = 1.2.2),vsn
SystemRequirements
增强了
URL	http://bioinf.wehi.edu.au/limma
这取决于我	AgiMicroRna，ASpli，BLMA，亚兰，cghMCR，ChimpHumanBrainData，clippda，codelink，转换，Cormotif，德科，DEqMS，DrugVsDisease，刨边机，EGSEA123，ExiMiR，ExpressionAtlas，Fletcher2013a，GEOexplorer，HD2013SGI，HTqPCR，IsoformSwitchAnalyzeR，maEndToEnd，maigesPack，maPredictDSC，marray，metagenomeSeq，metaseqR2，methylationArrayAnalysis，mpra，纳米管，NeuCA，octad，protGear，qpcrNorm，qusage，遏制，ReactomeGSA.data，林格，RNAseq123，RnBeads，Rnits，splineTimeR，烤面包，tRanslatome，TurboNorm，variancePartition，西瓜
进口我	a4Base，ABSSeq，affycoretools，affylmGUI，意大利苦杏酒，微生物，anota2seq，ArrayExpress，arrayQuality，arrayQualityMetrics，artMS，ASpediaFI，ATACseqQC，ATACseqTFEA，吸引，自治，AWFisher，舞会礼服，BatchQC，beadarray，BeadArrayUseCases，benchdamic，biotmle，BloodGen3Module，bnem，bsseq，BubbleTree，bumphunter，CancerSubtypes，卡斯珀，冠军，ChIPComp，clusterExperiment，CNVRanger，coexnet，结合，compcodeR，承认，consensusDE，consensusOV，crlmm，crossmeta，csaw，cTRAP，ctsGE，CytoTree，DAMEfinder，DaMiRseq，debrowser，部，derfinderPlot，DEsubs，DExMA，DiffBind，diffcyt，diffHic，diffUTR，截然不同的，DmelSGI，DMRcate，Doscheda，DRIMSeq，eegc，天哪，EGSEA，eisaR，EnrichmentBrowser，epigraHMM，EpiMix，erccdashboard，EventPointer，EWCE，ExpHunterSuite，ExploreModelMatrix，ExpressionNormalizationWorkflow，extraChIPs，flowBin，gCrisprTools，GDCRNATools，genefu，GeneSelectMMD，GEOquery，Glimma，GOsummaries，GRaNIE，GUIDEseq，爱马仕，hipathia，HTqPCR，icetea，iCheck，iChip，iCOBRA，理想的，InPAS，isomiRs，KnowSeq，limmaGUI，Linnorm，lipidr，lmdme，mAPKL，MatrixQCvis，MBECS，MBQN，mCSEA，餐，methylKit，MethylMix，microbiomeExplorer，microbiomeMarker，MIGSA，miloR，minfi，miRLAB，missMethyl，MLSeq，moanin，单片眼镜，MoonlightR，msImpute，msqrob2，MSstats，MSstatsTMT，MultiDataSet，马斯喀特，NADfinder，NanoMethViz，nethet，nondetects，NormalyzerDE，奥林，omicRexposome，oppti，OVESEG，PAA，PADOG，PanomiR，PathoStat，pcaExplorer，PECA，pepStat，phantasus，phenomis，phenoTest，PhosR，聚酯，POMA，POWSC，projectR，psichomics，pwrEWAS，qPLEXanalyzer，qsea，rCGH，recountWorkflow，RegEnrich，regsplice，ReportingTools，林格，RNAinteract，ROSeq，RTCGAToolbox，研制，RTopper，土星，scClassify，司康饼，食物，ScreenR，SEPIRA，seqsetvis，shinyepico，signatureSearchData，SimBindProfiles，SingleCellSignalR，singleCellTK，snapCGH，麻雀，spatialHeatmap，spatialLIBD，SPsimSeq，standR，STATegRa，股东价值分析，timecourse，TimeSeriesExperiment，ToxicoGx，泛太平洋伙伴关系，TPP2D，transcriptogramer，TVTB，tweeDEseq，vsclust，vsn，weitrix，扳手，山药，纱，天顶
建议我	ABarray，ADaCGH2，数组，beadarraySNP，biobroom，BiocSet，生命网络，BioQC，BloodCancerMultiOmics2017，CAGEWorkflow，类别，categoryCompare，celaref，CellBench，CellMixS，ChIPpeakAnno，ClassifyR，CMA，coGPS，CONSTANd，cydar，DAPAR，dearseq，DEGreport，derfinder，DEScan2，dyebias，easyreporting，EnMCB，fgsea，鱼池，fluentGenomics，计，GeuvadisTranscriptExpr，geva，glmGamPoi，GSRI，GSVA，哈曼，Heatplus，等压线，ivygapSE，莱斯，lionessR，光民，mammaPrintData，桅杆，methylumi，中长期规划，msigdb，npGSEA，NxtIRFcore，益生元，oppar，钢琴，PREDA，proDA，彪马，QFeatures，qmtools，qsvaR，randRotation，Rcade，recountmethylation，ribosomeProfilingQC，rtracklayer，seventyGeneData，signifinder，simpleSingleCell，SpliceWiz，经验丰富的人，subSeq，SummarizedBenchmark，systemPipeR，TCGAbiolinks，tidybulk，topconfects，tximeta，tximport，ViSEAGO，zFPKM
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	limma_3.54.0.tar.gz
Windows二进制	limma_3.54.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	limma_3.54.0.tgz
macOS二进制(arm64)	limma_3.54.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/limma
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/limma
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/limma/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/limma/
软件包下载报告	下载数据