zellkonverter

DOI:10.18129 / B9.bioc.zellkonverter

这是发展zellkonverter版本;稳定发布版本请参见zellkonverter。

scRNA-seq对象之间的转换

Bioconductor版本:开发(3.16)

提供在Python AnnData对象和singlecellexexperiment对象之间进行转换的方法。这些主要用于下游Bioconductor包，这些包封装了用于单细胞数据分析的Python方法。它还包括读写用于将AnnData对象保存到磁盘的H5AD文件的函数。

作者:Luke Zappia [aut, cre]，艾伦·伦[au:]

维护者:Luke Zappia < Luke at lazappi.id.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #下面初始化BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("zellkonverter")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“zellkonverter”)

超文本标记语言	R脚本	从AnnData到singlecellexexperiments的转换
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，SingleCell，软件
版本	1.7.3
在Bioconductor中	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	矩阵，蛇怪，网状，SingleCellExperiment(> = 1.11.6),SummarizedExperiment，DelayedArray、方法、S4Vectors跑龙套,cli
链接
建议	covr，拼写，testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，scRNAseq，HDF5Array，rhdf5，BiocFileCache
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/theislab/zellkonverter
BugReports	https://github.com/theislab/zellkonverter/issues
这取决于我	OSCA.intro
进口我	伶盗龙
建议我	cellxgenedp，HDF5Array
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	zellkonverter_1.7.3.tar.gz
Windows二进制	zellkonverter_1.7.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	zellkonverter_1.7.3.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zellkonverter
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/zellkonverter
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/zellkonverter/
软件包下载报告	下载数据