CNViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNViz

拷贝数可视化

Bioconductor版本:版本(3.17)

CNViz需要探测、基因和segment-level log2拷贝数比率和启动一个闪亮的应用可视化样本的拷贝数。你也可以集成杂合性丢失(LOH)和单核苷酸变异(SNV)数据。

作者:丽贝卡·格林布拉特(aut (cre)

维护人员:丽贝卡·格林布拉特<丽贝卡。格林布拉特在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNViz”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“CNViz”)

HTML	R脚本	CNViz
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文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,DNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0),闪亮的(> = 1.5.0)
进口	grDevices dplyr stats,跑龙套,情节,karyoploteR,CopyNumberPlots,GenomicRangesmagrittr, DT,尺度,图形
链接
建议	rmarkdown, knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNViz_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	CNViz_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	CNViz_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNViz
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNViz
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNViz/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CNViz/
包下载报告	下载数据