REMP

DOI:10.18129 / B9.bioc.REMP

这是发展REMP版本;稳定发布版本请参见REMP。

重复元件甲基化预测

Bioconductor版本:开发(3.17)

基于机器学习的工具，通过学习周围遗传和表观遗传信息来预测位点特异性重复元件(RE)的DNA甲基化。这些工具提供了DNA甲基化预测的全基因组和单碱基分辨率，这是使用基于阵列或基于测序的平台难以测量的，这使得全基因组关联研究(EWAS)和差异甲基化区域(DMR)分析成为可能。

作者:郑一男[aut, cre]，刘磊[aut]，张伟[aut]， Warren Kibbe [aut]，侯丽芳[aut, cph]

维护者:郑一男

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.3")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #下面初始化BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("REMP")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“REMP”)

PDF	R脚本	REMP包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，GenomeWideAssociation，MethylationArray，微阵列，多通道，预处理，质量控制，测序，软件，TwoChannel
版本	1.23.0
在Bioconductor中	BioC 3.5 (R-3.4)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)，SummarizedExperiment(> = 1.1.6),minfi(> = 1.22.0)
进口	readr，rtracklayer、图形、统计、utils、方法、设置，BiocGenerics，S4Vectors，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，GenomeInfoDb，BiocParallel，doParallel平行,foreach，脱字符号，kernlab，管理员，BSgenome，AnnotationHub，org.Hs.eg.db，嫁祸于，迭代器
链接
建议	IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，knitr，rmarkdown，minfiDataEPIC
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YinanZheng/REMP
BugReports	https://github.com/YinanZheng/REMP/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	REMP_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	REMP_1.23.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	REMP_1.23.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/REMP
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/REMP
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/REMP/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/REMP/
软件包下载报告	下载数据