RegEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.RegEnrich

基因调节富集分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包是一个管道来识别关键基因生物过程的监管机构,例如在细胞分化和细胞刺激后发展。在这个管道有四个主要步骤:(1)微分表达式分析;(2)regulator-target网络推理;(3)富集分析;和(4)监管机构得分和排名。

作者:东陶(cre, aut], Aridaman潘迪特(aut)

维护人员:东陶< weiyangtao1513 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RegEnrich”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“RegEnrich”)

HTML	R脚本	基因调控与RegEnrich浓缩
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,FunctionalPrediction,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneTarget,网络,NetworkEnrichment,NetworkInference,RNASeq,软件,转录,转录组,TwoChannel
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0.0),S4Vectorsdplyr宠物猫,BiocSet,SummarizedExperiment
进口	randomForest,fgsea,剂量,BiocParallel,DESeq2,limma、WGCNA ggplot2(> = 2.2.0)方法,reshape2 magrittr
链接
建议	GEOquery,knitr rmarkdown BiocManager testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	RegEnrich_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	RegEnrich_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	RegEnrich_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	RegEnrich_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RegEnrich
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RegEnrich
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RegEnrich/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RegEnrich/
包下载报告	下载数据