crossmeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.crossmeta

跨平台的微阵列数据的荟萃分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

实现跨平台和跨物种的荟萃分析Affymentrix Illumina公司,和安捷伦微阵列数据。这个包自动化常见任务下载等规范,注释原始地理数据。用户选择控制和治疗样品为了执行微分表达式分析比较。分析每个对比是分开后,用户可以选择组织来源为每个对比和指定任何组织应该为随后的分组荟萃分析的来源。

作者:亚历克斯·皮克林

维护人员:亚历克斯·皮克林< alexvpickering gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“crossmeta”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“crossmeta”)

HTML	R脚本	crossmeta装饰图案
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	注释,BatchEffect,DifferentialExpression,GUI,GeneExpression,微阵列,OneChannel,预处理,软件,TissueMicroarray,转录
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(7年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	affy(> = 1.52.0),affxparser(> = 1.46.0),AnnotationDbi(> = 1.36.2),Biobase(> = 2.34.0),BiocGenerics(> = 0.20.0)BiocManager (> = 1.30.4), DT (> = 0.2), DBI(> = 1.0.0)数据。表(> = 1.10.4),刨边机fdrtool (> = 1.2.15),GEOquery(> = 2.40.0),limma(> = 3.30.13)matrixStats (> = 0.51.0) metaMA (> = 3.1.2) miniUI(> = 0.1.1)方法,益生元(> = 1.38.0)、读者(> = 1.0.6)RCurl (> = 1.95.4.11) RSQLite (> = 2.1.1) stringr (> = 1.2.0),股东价值分析(> = 3.22.0),闪亮的(> = 1.0.0),shinyjs (> = 2.0.0) shinyBS (> = 0.61), shinyWidgets (> = 0.5.3) shinypanel(> = 0.1.0),宠物猫,XML (> = 3.98.1.17), readxl (> = 1.3.1)
链接
建议	knitr rmarkdown,lydata,org.Hs.eg.db,testthat
SystemRequirements	libxml2: libxml2-dev (deb) libxml2-devel (rpm) libcurl: libcurl4-openssl-dev (deb) libcurl-devel (rpm) openssl: libssl-dev (deb) openssl-devel (rpm) libssl_dev(世界基督教联合会),openssl@1.1(啤酒)
增强了
URL	https://github.com/alexvpickering/crossmeta
BugReports	https://github.com/alexvpickering/crossmeta/issues
取决于我
进口我
建议我	ccmap
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	crossmeta_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	crossmeta_1.26.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	crossmeta_1.26.0.tgz
macOS二进制(arm64)	crossmeta_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crossmeta
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crossmeta
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/crossmeta/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/crossmeta/
包下载报告	下载数据