enrichTF

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichTF

这是发展版本enrichTF;稳定发布版本请参见enrichTF．

转录因子富集分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

由于转录因子(TF)通过单独或组合结合在基因组上，在调节转录过程中起着至关重要的作用，因此TF富集分析是从一组实验确定的调控区域中定位候选功能TF是一种有效而重要的方法。虽然人们普遍认为结构相关的TF可能对序列(即基序)具有相似的结合偏好，并且一个TF可能具有多个基序，但TF富集分析比基序富集分析更具挑战性。在这里，我们提出了一个将基序富集与PECA模型相结合的TF富集分析R包。

作者:郑伟，詹娜都仁，马世宁

维护者:郑伟

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.3")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化biocdevel的使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("enrichTF")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“enrichTF”)

超文本标记语言	R脚本	介绍丰富
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneTarget，GraphAndNetwork，MotifAnnotation，软件，转录
版本	1.15.0
在Bioconductor中	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	pipeFrame
进口	BSgenome，rtracklayer，motifmatchr，TFBSTools，R.utils、方法、JASPAR2018，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，BiocGenerics，S4Vectors， utils, parallel, stats，ggpubr，heatmap3，ggplot2，clusterProfiler，rmarkdowngrDevices,magrittr
链接
建议	knitr，testthat，webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/wzthu/enrichTF
BugReports	https://github.com/wzthu/enrichTF/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	enrichTF_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	enrichTF_1.15.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	enrichTF_1.15.0.tgz
macOS二进制(arm64)	enrichTF_1.15.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/enrichTF
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/enrichTF
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/enrichTF/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/enrichTF/
软件包下载报告	下载数据