extraChIPs

DOI:10.18129 / B9.bioc.extraChIPs

额外的功能来处理ChIP-Seq数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包是建立在现有工具和增加了一些简单但非常有用的能力工作加盖ChIP-Seq数据。重点是检测微分绑定windows /地区。一组函数小说集合操作保留mcols农庄组织对象,而另一组功能帮助可视化的结果。强迫宠物猫对象也包括在内。

作者:斯蒂芬Pederson (aut (cre)

维修工:斯蒂芬Pederson < stephen.pederson。非盟在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“extraChIPs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	微分信号分析(宽度固定的窗口)
HTML	R脚本	微分信号分析(滑动窗口)
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细节

biocViews	ChIPSeq,报道,嗝,测序,软件
版本	1.4.6
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	BiocParallelR (> = 4.2.0),GenomicRangesggplot2 (> = 3.4.0),SummarizedExperiment,宠物猫
进口	BiocIO、扫帚、ComplexUpsetcsawdplyr(> = 1.1.0版),刨边机,EnrichedHeatmapforcats,GenomeInfoDb,GenomicInteractions,ggrepel ggforce ggside、胶水、grDevices,网格,Gviz,InteractionSet,IRanges,limma,matrixStats方法、拼凑、RColorBrewer rlang,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors尺度数据,stringr、tidyr tidyselect,跑龙套,vctrs,文氏图
链接
建议	BiocStylecovr,cqn,这里harmonicmeanp knitr magrittr,plyranges,quantro、rmarkdown testthat (> = 3.0.0), tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/smped/extraChIPs
BugReports	https://github.com/smped/extraChIPs/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	extraChIPs_1.4.6.tar.gz
Windows二进制	extraChIPs_1.4.6.zip
macOS二进制(x86_64)	extraChIPs_1.4.6.tgz
macOS二进制(arm64)	extraChIPs_1.4.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/extraChIPs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ extraChIPs
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/extraChIPs/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/extraChIPs/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档