singleCellTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.singleCellTK

这是发展singleCellTK版本;稳定的发布版本,请参阅singleCellTK。

全面和交互式分析单细胞RNA-Seq数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

单细胞工具包(SCTK) singleCellTK包提供了一个接口为进口流行的工具,质量控制,分析和可视化的单细胞RNA-seq数据。SCTK允许用户无缝集成工具从各种包分析工作流程的不同阶段。一般“点菜”工作流可以让用户访问多个数据导入的方法,一般质量控制指标,计算双重检测、环境RNA估计和去除,过滤、正常化,批量修正或集成、降维,二维嵌入,集群、标记检测、微分表达式,细胞类型标签,路径分析和数据输出。策划工作流程可以用来修和Celda运行。简化质量控制可以在命令行上执行使用SCTK-QC管道。用户可以分析他们的数据在R中使用命令控制台或通过使用一个交互式的图形用户界面(GUI)。具体分析或整个工作流程可以概括和共享与综合Rmarkdown生成的HTML报告。附加的文档和在camplab.net/sctk片段可以找到。

作者:王一尘(aut (cre),Irzam Sarfraz (aut)瑞香港(aut) Yusuke四郎(aut),萨拉姆Alabdullatif (aut),大卫·詹金斯(aut),维迪雅Akavoor (aut) Xinyun曹(aut) Shruthi Bandyadka (aut),阿纳斯塔西娅Leshchyk (aut),泰勒做(aut),穆罕默德Muzamil汗(aut),哲王(aut), w·埃文约翰逊(aut),约书亚·大卫·坎贝尔(aut)

维护人员:王一尘< wangych bu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“singleCellTK”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“singleCellTK”)

HTML	R脚本	1。介绍singleCellTK
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,BatchEffect,聚类,DataImport,DifferentialExpression,GUI,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,质量控制,SingleCell,软件
版本	2.9.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,DelayedArray,Biobase
进口	猿,AnnotationHub,后面;,BiocParallel,celldex,colourpicker,色彩,cowplot,集群,ComplexHeatmap,data.table,DelayedMatrixStats,DESeq2,dplyr,DT,ExperimentHub,ensembldb,字段,ggplot2,ggplotify,ggrepel,ggtree,gridExtra,GSVA(> = 1.26.0),GSVAdata,igraph,KernSmooth,limma,桅杆,矩阵,matrixStats、方法、msigdbr,乘,情节,plyr,ROCR,Rtsne,S4Vectors,嘘,scMerge(> = 1.2.0),食物,修拉(> = 3.1.3)闪亮的,shinyjs,单,SoupX,股东价值分析,reshape2,shinyalert,circlize,enrichR,celda,shinycssloaders,DropletUtils,scds(> = 1.2.0),网状(> = 1.14),工具,tximport,鱼池,withr,GSEABase,R.utils,zinbwave,scRNAseq(> = 2.0.2),TENxPBMCData,yaml,rmarkdown,magrittr,scDblFinder,metap,VAM(> = 0.5.3),宠物猫,rlang,TSCAN,TrajectoryUtils,天窗跑龙套,统计数据
链接
建议	testthat,Rsubread,BiocStyle,knitr,lintr,拼写,org.Mm.eg.db,stringr,kableExtra,shinythemes,shinyBS,shinyjqui,shinyWidgets,shinyFiles,BiocGenerics,RColorBrewer,fastmap(> = 1.1.0),和谐
SystemRequirements
增强了
URL	https://www.camplab.net/sctk/
BugReports	https://github.com/compbiomed/singleCellTK/issues
取决于我
进口我
建议我	celda
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	singleCellTK_2.9.0.tar.gz
Windows二进制	singleCellTK_2.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	singleCellTK_2.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ singleCellTK
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/singleCellTK/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/singleCellTK/
包下载报告	下载数据