麻雀

DOI:10.18129 / B9.bioc.sparrow

指挥集富集分析通过一个统一的接口

Bioconductor版本:版本(3.17)

提供了一个统一的接口,不同bioconductor多种GSEA技术包。结果统一到一个对象,可以审问均匀快速探索和解释结果。启用交互式探索GSEA结果通过一个闪亮的应用程序提供的麻雀。闪亮的兄弟姐妹包。

作者:史蒂夫Lianoglou (aut (cre),Arkadiusz Gladki[所有],德纳里峰疗法(曾经)(2018 +),基因泰克(曾经)(2014 - 2017)

维护人员:史蒂夫Lianoglou < slianoglou gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“麻雀”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“麻雀”)

HTML	R脚本	执行与麻雀基因集富集分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,通路,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	babelgene (> = 21.4),BiocGenerics,BiocParallel,BiocSet将军,circlizeComplexHeatmap(> = 2.0),数据。表(> = 1.10.4),DelayedMatrixStats,刨边机(> = 3.18.1)ggplot2(> = 2.2.0),图形,grDevices,GSEABaseirlba,limma、矩阵、方法、情节(> = 4.9.0)统计,跑龙套,冬青
链接
建议	AnnotationDbiBiasedUrn,Biobase(> = 2.24.0),BiocStyle,DESeq2dplyr dtplyr,fgsea,GSVA,GO.db,goseq,magrittr hexbin matrixStats, msigdbr (> = 7.4.1) KernSmooth, knitr,PANTHER.db(> = 1.0.3)、R.utilsreactome.dbrmarkdown,SummarizedExperiment,stringr statmod testthat webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lianos/sparrow
BugReports	https://github.com/lianos/sparrow/issues
取决于我
进口我
建议我	gCrisprTools
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	sparrow_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	sparrow_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	sparrow_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	sparrow_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sparrow
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/麻雀
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sparrow/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/sparrow/
包下载报告	下载数据