BadRegionFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.BadRegionFinder

这是发展BadRegionFinder版本;稳定的发布版本,请参阅BadRegionFinder。

BadRegionFinder: R / Bioconductor方案识别坏覆盖的地区

Bioconductor版本:发展(3.18)

BadRegionFinder与一个坏包识别区域,可接受的和良好的覆盖在bam序列比对数据文件。整个基因组可能被认为是以及一组目标区域。各种视觉和文本类型的输出是可用的。

作者:莎拉Sandmann

维修工:莎拉Sandmann <萨拉。在uni-muenster.de sandmann >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BadRegionFinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BadRegionFinder”)

PDF	R脚本	使用BadRegionFinder
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,分类,报道,测序,软件,WholeGenome
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	LGPL-3
取决于
进口	VariantAnnotation,Rsamtools,biomaRt,GenomicRanges,S4VectorsgrDevices跑龙套,统计数据,图形
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	BadRegionFinder_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	BadRegionFinder_1.29.0.zip
macOS二进制(x86_64)	BadRegionFinder_1.29.0.tgz
macOS二进制(arm64)	BadRegionFinder_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BadRegionFinder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BadRegionFinder
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BadRegionFinder/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BadRegionFinder/
包下载报告	下载数据