BioNERO

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioNERO

这是发展BioNERO版本;稳定的发布版本,请参阅BioNERO。

生物网络重建综合

Bioconductor版本:发展(3.18)

BioNERO旨在整合生物网络推理的所有方面在一个包中,包括数据预处理、探索性分析,网络推理,生物的解释和分析。BioNERO可以用来推断基因coexpression网络(gcn)和基因调控网络从基因表达数据(入库单)。此外,它可以用来探索(PPI)蛋白质相互作用网络的拓扑性质。GCN推理依赖于流行WGCNA算法。入库单推理是基于“群众智慧”的原则,由在推断入库单与多个算法(CLR, GENIE3和ARACNE)和计算每一对相互作用的平均排名。作为网络分析的所有步骤都包含在这个包,BioNERO让用户避免学习几个包的语法以及它们之间如何交流。最后,用户还可以跨独立集和计算表达式识别共识模块内和种间模块保存不同网络之间的数据。

作者:法布Almeida-Silva (cre, aut),蒂亚戈·Venancio (aut)

维护人员:法布Almeida-Silva < fabricio_almeidasilva hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BioNERO”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression,GeneRegulation,GraphAndNetwork,网络,NetworkInference,预处理,软件,SystemsBiology
版本	1.9.5
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	WGCNA、dynamicTreeCut ggdendro matrixStats,股东价值分析RColorBrewer,ComplexHeatmap,rlang ggplot2 ggrepel,东拼西凑,reshape2, igraph, ggnetwork,鹰图,NetRep,统计,grDevices,跑龙套,方法,BiocParallel,minet,GENIE3,SummarizedExperiment
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat (> = 3.0.0),BiocStyle,DESeq2、networkD3 covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/almeidasilvaf/BioNERO
BugReports	https://github.com/almeidasilvaf/BioNERO/issues
取决于我
进口我	cageminer
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制	BioNERO_1.9.5.zip
macOS二进制(x86_64)	BioNERO_1.9.5.tgz
macOS二进制(arm64)	BioNERO_1.9.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BioNERO
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BioNERO
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BioNERO/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BioNERO/
包下载报告	下载数据