DEGraph

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEGraph

这是发展DEGraph版本;稳定的发布版本,请参阅DEGraph。

两个示例测试图

Bioconductor版本:发展(3.18)

DEGraph最近实现了假设检验方法直接评估一个特定基因网络是两个条件之间差异表达。这是与更传统的两步方法,第一个测试单个基因,然后测试基因集富集在差异表达的基因。这些最近的方法考虑网络的拓扑结构产生更强大的检测程序。DEGraph提供方法来轻松地测试所有KEGG通路的微分表达式在任何基因表达数据集和工具来可视化结果。

作者:洛朗•雅各,皮埃尔Neuvial和Sandrine Dudoit

维护人员:Laurent雅各<劳伦。雅各在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DEGraph”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DEGraph”)

PDF	R脚本	DEGraph:差异表达基因网络的测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DecisionTree,DifferentialExpression,GraphAndNetwork,微阵列,网络,NetworkEnrichment,软件
版本	1.53.0
Bioconductor自	BioC 2.7 (r - 2.12)(13岁)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10.0), R.utils
进口	图,KEGGgraph、晶格、mvtnorm R.methodsS3,RBGL,Rgraphvizrrcov,NCIgraph
链接
建议	corpcor、字段图,KEGGgraph格,marray,RBGLrrcov,Rgraphviz,NCIgraph
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEGraph_1.53.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEGraph
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEGraph
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DEGraph/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEGraph/
包下载报告	下载数据