DEXSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEXSeq

这是发展DEXSeq版本;稳定的发布版本,请参阅DEXSeq。

推理RNA-Seq微分外显子的使用

Bioconductor版本:发展(3.18)

包是专注于找到微分外显子使用使用RNA-seq外显子之间的数量和样品不同的实验设计。它提供了功能,允许用户进行必要的统计测试基于模型,采用负二项分布来估计方差之间的生物复制和广义线性模型进行测试。包还提供了函数的可视化和探索的结果。

作者:西蒙·安德斯Alejandro雷耶斯<桑德斯在fs.tum.de >和< alejandro.reyes。ds: gmail.com >

维护人员:亚历杭德罗雷耶斯< alejandro.reyes。ds: gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DEXSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.47.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(11.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiocParallel,Biobase,SummarizedExperiment,IRanges(> = 2.5.17),GenomicRanges(> = 1.23.7),DESeq2(> = 1.39.6),AnnotationDbiRColorBrewer,S4Vectors(> = 0.23.18)
进口	BiocGenerics,biomaRt、hwriter方法、stringrRsamtoolsstatmod,geneplotter,genefilter
链接
建议	GenomicFeatures(> = 1.13.29),pasilla(> = 0.2.22),parathyroidSE,BiocStyle,rmarkdown knitr testthat,pasillaBamSubset,GenomicAlignments,roxygen2
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	IsoformSwitchAnalyzeR,pasilla,rnaseqDTU
进口我	diffUTR,感兴趣,pairedGSEA
建议我	bambu,BioPlex,GenomicRanges,土星,经验丰富的人,subSeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制	DEXSeq_1.47.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEXSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEXSeq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DEXSeq/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEXSeq/
包下载报告	下载数据