bsseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.bsseq

这是发展bsseq版本;稳定的发布版本,请参阅bsseq。

分析、管理和存储重亚硫酸盐测序数据

Bioconductor版本:发展(3.18)

一组重亚硫酸盐测序数据分析和可视化工具。

作者:Kasper丹尼尔•汉森(aut (cre)彼得·希基(aut)

维修工:Kasper丹尼尔·汉森< kasperdanielhansen gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“bsseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“bsseq”)

HTML	R脚本	分析与bsseq WGBS数据
HTML	R脚本	bsseq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,软件
版本	1.37.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0),方法,BiocGenerics,GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.19.5)
进口	IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb、尺度、统计数据、图形、Biobase,gtools locfit数据。表(> = 1.11.8),S4Vectors(> = 0.27.12),R。跑龙套(> = 2.0.0),DelayedMatrixStats(> = 1.5.2)、交换、limma,DelayedArray(> = 0.15.16)、RcppBiocParallel,BSgenome,Biostrings跑龙套,HDF5Array(> = 1.19.11),rhdf5
链接	Rcpp,beachmat
建议	testthat,bsseqData,BiocStyledoParallel rmarkdown knitr,矩阵,rtracklayer,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,beachmat(> = 1.5.2),batchtools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq
BugReports	https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/issues
取决于我	biscuiteer,bsseqData,dmrseq,DSS
进口我	北欧化工,DMRcate,methylCC,methylSig,米拉,NanoMethViz,scmeth,SOMNiBUS
建议我	methrix,tissueTreg
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	bsseq_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	bsseq_1.37.0.zip
macOS二进制(x86_64)	bsseq_1.37.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bsseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bsseq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/bsseq/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/bsseq/
包下载报告	下载数据